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--- setup_a_testing_server [2019/11/15 23:16] – [Headline] hyjeong
+++ setup_a_testing_server [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1
@@ Line 18: / Line 18: @@
   $ gcc -v
   gcc version 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-39) (GCC)
+  $ whoami
+  user
+  $ groups
+  user wheel vboxsf
 관리자 권한을 일절 쓰지 않고 필요한 프로그램을 설치하기 위해 노력하였다. 그러려면 bioconda에 의존하지 않을 수 없다. 처음에는 실습일 기준(2019년 11월) 최신 anaconda 설치 파일([[https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2019.07-Linux-x86_64.sh|Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh]])을 쓰고자 하였으나 이는 CentOS 7.7 가상머신 환경에서 설치되지 않아서 부득이하게 [[https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2019.07-Linux-x86_64.sh|2019.07]] 버전을 사용하였고, 실습에 쓰인 KOBIC 서버에도 이를 설치하였었다.
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   * [[https://ncbi.github.io/sra-tools/install_config.html|sratoolkit.2.9.6-1-centos_linux64]]
   * [[http://cube.univie.ac.at/gepard|Gepard]]
-  * [[https://www.wsi.uni-tuebingen.de/lehrstuehle/algorithms-in-bioinformatics/software/dendroscope/|dendroscope]] openjdk-11(conda base에서 fastqc 설치될 때 같이 깔림)가 마련된 이후에 설치할 것.
+  * [[https://www.wsi.uni-tuebingen.de/lehrstuehle/algorithms-in-bioinformatics/software/dendroscope/|dendroscope]] [[https://software-ab.informatik.uni-tuebingen.de/download/dendroscope3/welcome.html|다운로드 페이지]] openjdk-11(conda base에서 fastqc 설치될 때 같이 깔림)가 마련된 이후에 설치할 것.
   * [[https://github.com/marbl/canu|canu ]] 처음에는 bioconda package를 설치했었으나 circlator 실행에서 버전을 확인할 수 없다는 에러가 발생하여 소스로부터 컴파일하였다. Canu snapshot v1.8 +519 changes
   * [[https://github.com/tseemann/snippy|snippy]] bioconda를 통해 설치한 것은 snpEff 실행 과정에서 에러가 발생한다. 이것을 쓰기 바람. version 4.4.5
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 ==== base environment (python 3.7.3)====
-bioconda package 설치는 다음의 순서대로 하였다.
+bioconda package 설치는 다음의 순서대로 하였다. 각 패키지의 의존성이 완벽하게 조화롭지는 못하여(특히 jellyfish를 설치할 때) error 수준은 아니더라도 주의를 기울일만한 메시지가 출력됨을 피하기 어렵다.
   * khmer-3.0.0a3 (conda도 conda-4.7.12로 업데이트)
-  * jellyfish-2.2.10 (anaconda가 custom-py37_1로 다운그레이드됨)
+  * jellyfish-2.2.10 (anaconda가 custom-py37_1로 다운그레이드됨; 아나콘다 설치 직후 conda upgrade --all을 두 차례 실행하여 모든 패키지를 업그레이드하면 됨)
   * fastqc-0.11.8 (openjdk-11.0.1 perl-5.26.2 설치)
   * trimmomatic-0.39
   * gnuplot-5.2.7 (python이 conda-forge의 3.7.3-h33d41f4_1로 업데이트됨)
   * a5-miseq-20160825 (perl은 perl-5.26.2로 업데이트)
-  * prokka-1.14 (bedtools blast hmmer parallel 등 설치)
+  * prokka-1.14.5 (bedtools blast hmmer parallel 등 설치)
   * artemis-18.0.3
   * mummer-3.23
-  * snippy-4.3.6 (bcftools bwa clustalw emboss htslib paml samtools seqtk t_coffee 등 설치)
+  * snippy-4.0.2 (bcftools bwa clustalw emboss htslib paml samtools seqtk t_coffee 등 설치)
   * igv-2.5.2
   * pyani-0.2.9 (biopython blast-legacy 설치)
-  * roary-3.12.0 (cd-hit fasttree mafft mcl prank 설치)
+  * roary-3.13.0 (cd-hit fasttree mafft mcl prank 설치)
   * circlator-1.5.5 (spades-3.13.1 설치)
   * bowtie2-2.3.5
@@ Line 121: / Line 125: @@
   * r-gplots-3.0.1.1 (r-base도 동시에 설치)
   * r-ape-5.3
-  * perl-html-parser (gbk_get 실행에 필요한 HTML::Parser 제공)
+  * perl-html-parser-3.72 (gbk_get 실행에 필요한 HTML::Parser 제공)