setup_a_testing_server
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| setup_a_testing_server [2019/11/12 15:30] – [수작업으로 설치한 프로그램(~/apps)] hyjeong | setup_a_testing_server [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1 | ||
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| ====== 실습용 서버에 프로그램 설치하기 ====== | ====== 실습용 서버에 프로그램 설치하기 ====== | ||
| - | 이 문서는 원래 KOBIC에서 제공한 실습용 서버에 필요한 프로그램을 설치하는 방법을 설명하기 위한 것이었습니다. 따라서 /BiO 디렉토리 하위에 대부분의 프로그램(데이터도 포함)을 설치하는 것을 전제로 하였었습니다. 그러나 교육이 끝난 지금, 실습에 사용했던 환경을 여러분이 직접 사용하실 수 있는 곳에 설치하는데 도움을 주는 문서로 차차 바꾸어 나가고자 합니다. 기준 환경은 CentOS 7로 하되 Oracle VirtualBox에 설치한 가상 머신도 나쁘지는 않습니다. 리눅스 서버에 접속이 | + | ===== 소개의 글 ===== |
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| + | 이 문서는 원래 KOBIC에서 제공한 실습용 서버에 필요한 프로그램을 설치하는 방법을 설명하기 위한 것이었습니다. 따라서 /BiO 디렉토리 하위에 대부분의 프로그램(데이터도 포함)을 설치하는 것을 전제로 하였었습니다. 그러나 교육이 끝난 지금, 실습에 사용했던 환경을 여러분이 직접 사용하실 수 있는 곳에 설치하는데 도움을 주는 문서로 차차 바꾸어 나가고자 합니다. 기준 환경은 CentOS 7로 하되 Oracle VirtualBox에 설치한 가상 머신도 나쁘지는 않습니다. | ||
| 여담이지만 anaconda, conda 및 bioconda를 명확히 구별하는 것도 썩 쉽지는 않습니다. **anaconda installer**를 다운로드하여 설치하는 것이 시작입니다. 그러면 비로소 conda(package manager)라는 명령어를 쓸 수 있게 되고, bioconda ' | 여담이지만 anaconda, conda 및 bioconda를 명확히 구별하는 것도 썩 쉽지는 않습니다. **anaconda installer**를 다운로드하여 설치하는 것이 시작입니다. 그러면 비로소 conda(package manager)라는 명령어를 쓸 수 있게 되고, bioconda ' | ||
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| + | ===== mg-GlobOS 0.11 (1911)의 기본 환경 및 Anaconda3 설치하기 ===== | ||
| $ uname -a | $ uname -a | ||
| - | Linux tube 3.10.0-1062.1.2.el7.x86_64 #1 SMP Mon Sep 30 14:19:46 UTC 2019 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux | + | Linux globos |
| $ cat / | $ cat / | ||
| CentOS Linux release 7.7.1908 (Core) | CentOS Linux release 7.7.1908 (Core) | ||
| Line 14: | Line 18: | ||
| $ gcc -v | $ gcc -v | ||
| gcc version 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-39) (GCC) | gcc version 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-39) (GCC) | ||
| + | $ whoami | ||
| + | user | ||
| + | $ groups | ||
| + | user wheel vboxsf | ||
| - | 가급적 | + | 관리자 권한을 |
| {{ :: | {{ :: | ||
| - | Anaconda의 설치 위치는 교육용 서버에서는 / | + | Anaconda의 설치 위치는 교육용 서버에서는 / |
| $ bash Anaconda3-2019.07-Linux-x86_64.sh | $ bash Anaconda3-2019.07-Linux-x86_64.sh | ||
| .... 라이센스 동의 | .... 라이센스 동의 | ||
| Line 60: | Line 68: | ||
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| =========================================================================== | =========================================================================== | ||
| - | conda config 명령을 실행하면 홈 디렉토리의 .condarc 파일에서 설정이 기록된다. 로그인 시 자동 활성화가 되지 않게 하였다면, | + | conda config 명령을 실행하면 홈 디렉토리의 .condarc 파일에 설정이 기록된다. 로그인 시 자동 활성화가 되지 않게 하였다면, |
| - [conda init로 초기화를 하지 않은 경우(.bashrc 뒷부분이 수정되지 않은 경우)]: eval " | - [conda init로 초기화를 하지 않은 경우(.bashrc 뒷부분이 수정되지 않은 경우)]: eval " | ||
| - [conda init로 초기화를 한 경우]: 재로그인을 하면 자동으로 활성화가 된다. 그러나 .condarc 파일에 " | - [conda init로 초기화를 한 경우]: 재로그인을 하면 자동으로 활성화가 된다. 그러나 .condarc 파일에 " | ||
| ===== 수작업으로 설치한 프로그램(~/ | ===== 수작업으로 설치한 프로그램(~/ | ||
| - | 이미 bioconda용으로 만들어진 패키지가 있을지도 모르지만 원본 사이트에서 바이너리를 가져다가 압축을 풀었다. 직접 compile한 것은 conda base 환경에서 실시하였다. | + | 이미 bioconda용으로 만들어진 패키지가 있을지도 모르지만 원본 사이트에서 바이너리를 가져다가 압축을 풀었다. |
| * [[https:// | * [[https:// | ||
| * [[https:// | * [[https:// | ||
| * [[https:// | * [[https:// | ||
| * [[http:// | * [[http:// | ||
| - | * [[https:// | + | * [[https:// |
| * [[https:// | * [[https:// | ||
| * [[https:// | * [[https:// | ||
| * quast - 아래 항목 참조. Version: 5.0.2, aa6e843 | * quast - 아래 항목 참조. Version: 5.0.2, aa6e843 | ||
| - | * sudo yum install perl-App-cpanminus(gbk_get을 실행하기 위해 필요한 Perl module 설치) | ||
| - | 기타 실행 파일 또는 스크립트는 **/ | + | 기타 실행 파일 또는 스크립트는 **/BiO/day1/bin**에, mg-GlobOS v0.11에서는 **~/bin**에 두었다. 여러 소스에서 구하거나 내가 수정한 것, 또는 내가 직접 만든 것을 포함한다. 여기에 있는 파일은 다음과 같다. |
| * Dendroscope -> / | * Dendroscope -> / | ||
| * gbk_get [[https:// | * gbk_get [[https:// | ||
| Line 84: | Line 91: | ||
| * roary2svg.pl roary_plots.pl [[https:// | * roary2svg.pl roary_plots.pl [[https:// | ||
| * [[https:// | * [[https:// | ||
| + | |||
| + | 다음을 실행하여야 수작업으으로 설치한 프로그램을 $PATH 환경변수에 등록할 수 있다. | ||
| + | $ source ~/ | ||
| ===== bioconda를 이용하여 설치한 프로그램 ===== | ===== bioconda를 이용하여 설치한 프로그램 ===== | ||
| Line 96: | Line 106: | ||
| ==== base environment (python 3.7.3)==== | ==== base environment (python 3.7.3)==== | ||
| - | bioconda package 설치는 다음의 순서대로 하였다. | + | bioconda package 설치는 다음의 순서대로 하였다. 각 패키지의 의존성이 완벽하게 조화롭지는 못하여(특히 jellyfish를 설치할 때) error 수준은 아니더라도 주의를 기울일만한 메시지가 출력됨을 피하기 어렵다. |
| * khmer-3.0.0a3 (conda도 conda-4.7.12로 업데이트) | * khmer-3.0.0a3 (conda도 conda-4.7.12로 업데이트) | ||
| - | * jellyfish-2.2.10 (anaconda가 custom-py37_1로 다운그레이드됨) | + | * jellyfish-2.2.10 (anaconda가 custom-py37_1로 다운그레이드됨; 아나콘다 설치 직후 conda upgrade --all을 두 차례 실행하여 모든 패키지를 업그레이드하면 |
| * fastqc-0.11.8 (openjdk-11.0.1 perl-5.26.2 설치) | * fastqc-0.11.8 (openjdk-11.0.1 perl-5.26.2 설치) | ||
| * trimmomatic-0.39 | * trimmomatic-0.39 | ||
| * gnuplot-5.2.7 (python이 conda-forge의 3.7.3-h33d41f4_1로 업데이트됨) | * gnuplot-5.2.7 (python이 conda-forge의 3.7.3-h33d41f4_1로 업데이트됨) | ||
| * a5-miseq-20160825 (perl은 perl-5.26.2로 업데이트) | * a5-miseq-20160825 (perl은 perl-5.26.2로 업데이트) | ||
| - | * prokka-1.13 (bedtools blast hmmer parallel 등 설치) | + | * prokka-1.14.5 (bedtools blast hmmer parallel 등 설치) |
| * artemis-18.0.3 | * artemis-18.0.3 | ||
| * mummer-3.23 | * mummer-3.23 | ||
| - | * snippy-4.3.6 (bcftools bwa clustalw emboss htslib paml samtools seqtk t_coffee 등 설치; prokka-1.14로 업데이트) | + | * snippy-4.0.2 (bcftools bwa clustalw emboss htslib paml samtools seqtk t_coffee 등 설치) |
| * igv-2.5.2 | * igv-2.5.2 | ||
| * pyani-0.2.9 (biopython blast-legacy 설치) | * pyani-0.2.9 (biopython blast-legacy 설치) | ||
| - | * roary-3.12.0 (cd-hit fasttree mafft mcl prank 설치) | + | * roary-3.13.0 (cd-hit fasttree mafft mcl prank 설치) |
| * circlator-1.5.5 (spades-3.13.1 설치) | * circlator-1.5.5 (spades-3.13.1 설치) | ||
| * bowtie2-2.3.5 | * bowtie2-2.3.5 | ||
| * figtree-1.4.4 | * figtree-1.4.4 | ||
| - | * r-base-3.6.1 | + | * r-gplots-3.0.1.1 (r-base도 동시에 설치) |
| + | * r-ape-5.3 | ||
| + | * perl-html-parser-3.72 (gbk_get 실행에 필요한 HTML:: | ||
setup_a_testing_server.1573540200.txt.gz · Last modified: (external edit)