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sars-cov-2_검출을_위한_pcr_프라이머_설계

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sars-cov-2_검출을_위한_pcr_프라이머_설계 [2022/06/16 08:11] – [SARS-CoV-2 검출을 위한 PCR 프라이머 설계] hyjeongsars-cov-2_검출을_위한_pcr_프라이머_설계 [2023/06/28 15:07] (current) – [들어가는 글] hyjeong
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 이 논문 말고도 엄청난 수의 SARS-CoV-2 검출용 PCR 기법이 넘쳐나고 있을 것이다. 이 논문을 택한 것은 이해하기 쉬운 기본 원리에 바탕을 두고 있고, 리눅스 컴퓨터에서 실행할 수 있는 튜토리얼 형태로 작성되어 있어서 따라하기에 좋기 때문이다.  이 논문 말고도 엄청난 수의 SARS-CoV-2 검출용 PCR 기법이 넘쳐나고 있을 것이다. 이 논문을 택한 것은 이해하기 쉬운 기본 원리에 바탕을 두고 있고, 리눅스 컴퓨터에서 실행할 수 있는 튜토리얼 형태로 작성되어 있어서 따라하기에 좋기 때문이다. 
  
-여러 DNA target을 공통적으로 증폭할 수 있는 프라이머를 설계하기 위하여 conserved region을 찾는 가장 보편적인 방법은 multiple sequence alignment(MSA)를 사용하는 것이다. 예를 들어서 EasyPrimer([[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31992749/|논문]] [[https://skynet.unimi.it/index.php/tools/easyprimer/|웹사이트]])는 hypervariable gene을 공적으로 증폭할 프라이머를 설계하기에 적당한 위치를 찾아주는 역할을 하며, PrimerDesign-M([[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25524896/|논문]] [[https://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/PRIMER_DESIGN/primer_design.html|웹사이트]])은 MSA를 입력하여 프라이머를 만들 수 있다. +여러 DNA target을 공통적으로 증폭할 수 있는 프라이머를 설계하기 위하여 conserved region을 찾는 가장 보편적인 방법은 multiple sequence alignment(MSA)를 사용하는 것이다. 예를 들어서 EasyPrimer([[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31992749/|논문]] [[https://skynet.unimi.it/index.php/tools/easyprimer/|웹사이트]])는 hypervariable gene을 공적으로 증폭할 프라이머를 설계하기에 적당한 위치를 찾아주는 역할을 하며, PrimerDesign-M([[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25524896/|논문]] [[https://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/PRIMER_DESIGN/primer_design.html|웹사이트]])은 MSA를 입력하여 프라이머를 만들 수 있다. 
  
 그러나 이 글에서 소개하는 Methods Mol Biol.의 방법은 시간이 많이 걸리는 MSA에 의존하지 않고 각 변이체 바이러스 게놈을 레퍼런스에 비교하여 변이의 위치를 VCF로 추출한 뒤 이를 병합한 다음, BED 파일로 전환하여 프라이머 설계용 reference 서열 위에 대/소문자로 변이 발생 위치를 표시하게 만든다. 이어서 Primer3의 파라미터를 조정하여 소문자(변이)가 3'-end에 오는 프라이머가 아닌 것을 고르게 한 뒤 MFEprimer로 최종 점검을 하는 방식을 취한다. 그러나 이 글에서 소개하는 Methods Mol Biol.의 방법은 시간이 많이 걸리는 MSA에 의존하지 않고 각 변이체 바이러스 게놈을 레퍼런스에 비교하여 변이의 위치를 VCF로 추출한 뒤 이를 병합한 다음, BED 파일로 전환하여 프라이머 설계용 reference 서열 위에 대/소문자로 변이 발생 위치를 표시하게 만든다. 이어서 Primer3의 파라미터를 조정하여 소문자(변이)가 3'-end에 오는 프라이머가 아닌 것을 고르게 한 뒤 MFEprimer로 최종 점검을 하는 방식을 취한다.
sars-cov-2_검출을_위한_pcr_프라이머_설계.txt · Last modified: 2023/06/28 15:07 by hyjeong