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--- running_phylopythias_under_ubuntu [2017/05/04 10:36] – [macOS Sierra(10.12.4)] hyjeong
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 ====== Running PhyloPythiaS+ (PPS+ or PPSP) under Ubuntu ======
 ===== 개요 =====
-PPSP는 metagenomic sequence에 대한 자동적인 taxonomic binning을 실시하는 도구이다. 입력물은 contig/scaffold sequence, 혹은 1 kb 이상의 long read가 전부 가능하다. 원래 expert analysis를 필요로하는 PhyloPhytiaS를 개선하여 이 과정을 자동화함과 동시에 marker gene에 의한 분석이 추가된 것이다.
+PPSP는 metagenomic sequence에 대한 자동적인 taxonomic binning을 실시하는 도구이다. 입력물은 contig/scaffold sequence, 혹은 1 kb 이상의 long read가 전부 가능하다. 원래 expert analysis를 필요로하는 PhyloPytiaS를 개선하여 이 과정을 자동화함과 동시에 marker gene에 의한 분석이 추가된 것이다.
   * 논문(//PhyloPythiaS+//: a self-training method for the rapid reconstruction of low-ranking taxonomic bins from metagenomes. [[https://peerj.com/articles/1603/|PeerJ 2016]]) [[https://github.com/algbioi/ppsp/blob/master/Installation_instructions.pdf|Supporting Text S2 (installation instructions)]] [[https://github.com/algbioi/ppsp/blob/master/Tutorial.pdf|Supporting Text S3 (tutorial)]]
   * [[https://github.com/algbioi/ppsp/wiki|위키 사이트]]
   * PPS+ 프로그램 다운로드(GitHub)
-(주의) 원래는 Oracle VirtualBox용 가상머신 이미지를 제공하여 사용하는 것을 기본으로 하고 있다. 그러나 ova 파일을 다운로드할 수 있는 [[http://algbio.cs.uni-duesseldorf.de/software/ppsp/1_4/ppsp_1_4_vm_64bit.ova|URL]]이 현재 유효하지 않은 것 같다. Reference DB 역시 그러하다.--- //[[hyjeong@kribb.re.kr|Haeyoung Jeong]] 2017/05/02 15:59//
+(주의) PPS+ 개발자는 Oracle VirtualBox용 가상머신 이미지를 제공하여 사용하는 것을 권장한다. 그러나 ova 파일을 다운로드할 수 있는 [[http://algbio.cs.uni-duesseldorf.de/software/ppsp/1_4/ppsp_1_4_vm_64bit.ova|URL]]이 현재 유효하지 않은 것 같다. Reference DB 역시 그러하다.--- //[[hyjeong@kribb.re.kr|Haeyoung Jeong]] 2017/05/02 15:59//
 ===== Ubuntu 환경 준비 =====
 PPS+를 우분후 환경에 설치하는 것은 가상머신을 그대로 가져다 임포트하여 쓰는 것보다는 조금 불편하다. 대신 하드웨어 성능을 최대한으로 활용할 수 있다는 장점이 있다. 2012년 5월 도입하여 만 5년 동안 업무용으로 사용했던 컴퓨터(Intel Xeon E5520, 메모리 16 GB, NVIDIA GTS 450 그래픽스 카드)에 우분투 데스크탑 **16.04 LTS**를 설치한 후 PPS+를 설치하여 활용하고자 하였다. Installation instructions 문서에서는 우분투 12.04 LTS를 기준으로 기술하고 있다. 우분투
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 ==== macOS Sierra(10.12.4) ====
-설치 환경은 VirtualBox 5.1.20이다. 가상머신을 임포트하여 공유 폴더를 설정한 뒤 부팅을 하니 /mnt/apps/ppa/tools/ 디렉토리가 없는 것을 발견하였다. pops 등 중요한 프로그램은 여기에 있어야 한다. GitHub에서 가져온 압축파일을 풀어서 해당 디렉토리를 복사해 넣었다. 테스트 러닝에는 약 두 시간이 소요되었다. 참고로 [[ppsp_output_screen]]출력 화면을 캡쳐하여 소개한다.
+설치 환경은 VirtualBox 5.1.20이다. 가상머신을 임포트하여 공유 폴더를 설정한 뒤 부팅을 하니 /mnt/apps/ppa/tools/ 디렉토리가 없는 것을 발견하였다. ppsp 등 중요한 프로그램은 여기에 있어야 한다. GitHub에서 가져온 압축파일을 풀어서 해당 디렉토리를 복사해 넣었다. 테스트 러닝에는 약 두 시간이 소요되었다. 참고로 [[ppsp_output_screen]]출력 화면을 캡쳐하여 소개한다.
 ===== 일반적인 실행 방법 =====