reference_mapping_및_variant_calling
Differences
This shows you the differences between two versions of the page.
| Both sides previous revisionPrevious revisionNext revision | Previous revision | ||
| reference_mapping_및_variant_calling [2018/03/12 17:03] – [(optional) 각 contig의 average read depth 산출] hyjeong | reference_mapping_및_variant_calling [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1 | ||
|---|---|---|---|
| Line 36: | Line 36: | ||
| bam 파일로 소팅한 다음 samtools depth 명령을 실행하면 reference 서열의 모든 염기 위치에 대한 read depth가 출력된다. 더욱 상세한 정보를 원한다면 samtools mpileup 명령을 쓰면 되나, 이번 작업에서는 그렇게까지는 할 필요가 없다. 다만 reference sequence 단위의 집계를 위해서 간단한 스크립트 [[read_depth.pl]]이 필요하다. samtools 1.4.1에서는 sort와 index에 관련한 명령어 문법이 약간 바뀌었으므로 [[http:// | bam 파일로 소팅한 다음 samtools depth 명령을 실행하면 reference 서열의 모든 염기 위치에 대한 read depth가 출력된다. 더욱 상세한 정보를 원한다면 samtools mpileup 명령을 쓰면 되나, 이번 작업에서는 그렇게까지는 할 필요가 없다. 다만 reference sequence 단위의 집계를 위해서 간단한 스크립트 [[read_depth.pl]]이 필요하다. samtools 1.4.1에서는 sort와 index에 관련한 명령어 문법이 약간 바뀌었으므로 [[http:// | ||
| - | $ samtools sort BL21.bam | + | $ samtools sort -o BL21_sorted.bam |
| $ samtools depth BL21_sorted.bam (출력물이 어떠한지 관찰해 보기) | $ samtools depth BL21_sorted.bam (출력물이 어떠한지 관찰해 보기) | ||
| $ samtools depth BL21_sorted.bam | read_depth.pl > depth.csv | $ samtools depth BL21_sorted.bam | read_depth.pl > depth.csv | ||
| Line 43: | Line 43: | ||
| ==== [1] 일반적인 과정 ==== | ==== [1] 일반적인 과정 ==== | ||
| $ samtools faidx GCA_000017985.1_ASM1798v1_genomic.fna | $ samtools faidx GCA_000017985.1_ASM1798v1_genomic.fna | ||
| - | $ samtools sort BL21.bam BL21.sorted | + | $ samtools sort -o BL21.sorted.bam BL21.bam |
| $ samtools index BL21.sorted.bam | $ samtools index BL21.sorted.bam | ||
| $ samtools mpileup -u -f GCA_000017985.1_ASM1798v1_genomic.fna BL21.sorted.bam > BL21.bcf | $ samtools mpileup -u -f GCA_000017985.1_ASM1798v1_genomic.fna BL21.sorted.bam > BL21.bcf | ||
reference_mapping_및_variant_calling.1520841822.txt.gz · Last modified: (external edit)