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reference_mapping_및_variant_calling

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reference_mapping_및_variant_calling [2018/03/12 16:42] – [(optional) 각 contig의 average read depth 산출] hyjeongreference_mapping_및_variant_calling [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1
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 ===== (optional) 각 contig의 average read depth 산출 ===== ===== (optional) 각 contig의 average read depth 산출 =====
-bam 파일로 소팅한 다음 samtools depth 명령을 실행하면 reference 서열의 모든 염기 위치에 대한 read depth가 출력된다. 더욱 상세한 정보를 원한다면 samtools mpileup 명령을 쓰면 되나, 이번 작업에서는 그렇게까지는 할 필요가 없다. 다만 reference sequence 단위의 집계를 위해서 간단한 스크립트 [[read_depth.pl]]이 필요하다. samtools 1.4.1에서는 명령어 문법이 약간 바뀌었으므로 [[http://www.htslib.org/doc/samtools-1.4.1.html|매뉴얼 페이지]]를 참조하기 바란다.+bam 파일로 소팅한 다음 samtools depth 명령을 실행하면 reference 서열의 모든 염기 위치에 대한 read depth가 출력된다. 더욱 상세한 정보를 원한다면 samtools mpileup 명령을 쓰면 되나, 이번 작업에서는 그렇게까지는 할 필요가 없다. 다만 reference sequence 단위의 집계를 위해서 간단한 스크립트 [[read_depth.pl]]이 필요하다. samtools 1.4.1에서는 sort와 index에 관련한 명령어 문법이 약간 바뀌었으므로 [[http://www.htslib.org/doc/samtools-1.4.1.html|매뉴얼 페이지]]를 참조하기 바란다.
  
-  $ samtools sort BL21.bam BL21_sorted+  $ samtools sort -o BL21_sorted.bam BL21.bam
   $ samtools depth BL21_sorted.bam (출력물이 어떠한지 관찰해 보기)   $ samtools depth BL21_sorted.bam (출력물이 어떠한지 관찰해 보기)
   $ samtools depth BL21_sorted.bam | read_depth.pl > depth.csv   $ samtools depth BL21_sorted.bam | read_depth.pl > depth.csv
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 ==== [1] 일반적인 과정 ==== ==== [1] 일반적인 과정 ====
   $ samtools faidx GCA_000017985.1_ASM1798v1_genomic.fna   $ samtools faidx GCA_000017985.1_ASM1798v1_genomic.fna
-  $ samtools sort BL21.bam BL21.sorted+  $ samtools sort -o BL21.sorted.bam BL21.bam
   $ samtools index BL21.sorted.bam   $ samtools index BL21.sorted.bam
   $ samtools mpileup -u -f GCA_000017985.1_ASM1798v1_genomic.fna BL21.sorted.bam > BL21.bcf   $ samtools mpileup -u -f GCA_000017985.1_ASM1798v1_genomic.fna BL21.sorted.bam > BL21.bcf
reference_mapping_및_variant_calling.1520840539.txt.gz · Last modified: (external edit)