reference_mapping_및_variant_calling
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==== Mapping ==== | ==== Mapping ==== | ||
- | 만약 paired read의 방향이 일반적인 fr(forward-reverse)가 아니고 rf(from mate-pair library) 혹은 ff라면 어떻게 할 것인가? 또한 library insert size를 mapping 단계에서 지정하려면 어떻게 해야 할 것인지 생각해 보자. SAM 및 BAM 파일에 대한 지식이 필요하면 | + | 만약 paired read의 방향이 일반적인 fr(forward-reverse)가 아니고 rf(from mate-pair library) 혹은 ff라면 어떻게 할 것인가? 또한 library insert size를 mapping 단계에서 지정하려면 어떻게 해야 할 것인지 생각해 보자. SAM 및 BAM 파일에 대한 지식이 필요하면 |
- | $ bowtie2 -x bowtie2/ | + | $ bowtie2 |
$ samtools view -b -S -o BL21.bam BL21.sam | $ samtools view -b -S -o BL21.bam BL21.sam | ||
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Line 34: | Line 34: | ||
===== (optional) 각 contig의 average read depth 산출 ===== | ===== (optional) 각 contig의 average read depth 산출 ===== | ||
- | bam 파일로 소팅한 다음 samtools depth 명령을 실행하면 reference 서열의 모든 염기 위치에 대한 read depth가 출력된다. 더욱 상세한 정보를 원한다면 samtools mpileup 명령을 쓰면 되나, 이번 작업에서는 그렇게까지는 할 필요가 없다. 다만 reference sequence 단위의 집계를 위해서 간단한 스크립트 [[read_depth.pl]]이 필요하다. | + | bam 파일로 소팅한 다음 samtools depth 명령을 실행하면 reference 서열의 모든 염기 위치에 대한 read depth가 출력된다. 더욱 상세한 정보를 원한다면 samtools mpileup 명령을 쓰면 되나, 이번 작업에서는 그렇게까지는 할 필요가 없다. 다만 reference sequence 단위의 집계를 위해서 간단한 스크립트 [[read_depth.pl]]이 필요하다. samtools 1.4.1에서는 sort와 index에 관련한 명령어 문법이 약간 바뀌었으므로 [[http:// |
- | $ samtools sort BL21.bam | + | $ samtools sort -o BL21_sorted.bam |
$ samtools depth BL21_sorted.bam (출력물이 어떠한지 관찰해 보기) | $ samtools depth BL21_sorted.bam (출력물이 어떠한지 관찰해 보기) | ||
$ samtools depth BL21_sorted.bam | read_depth.pl > depth.csv | $ samtools depth BL21_sorted.bam | read_depth.pl > depth.csv | ||
Line 43: | Line 43: | ||
==== [1] 일반적인 과정 ==== | ==== [1] 일반적인 과정 ==== | ||
$ samtools faidx GCA_000017985.1_ASM1798v1_genomic.fna | $ samtools faidx GCA_000017985.1_ASM1798v1_genomic.fna | ||
- | $ samtools sort BL21.bam BL21.sorted | + | $ samtools sort -o BL21.sorted.bam BL21.bam |
$ samtools index BL21.sorted.bam | $ samtools index BL21.sorted.bam | ||
$ samtools mpileup -u -f GCA_000017985.1_ASM1798v1_genomic.fna BL21.sorted.bam > BL21.bcf | $ samtools mpileup -u -f GCA_000017985.1_ASM1798v1_genomic.fna BL21.sorted.bam > BL21.bcf |
reference_mapping_및_variant_calling.1481170346.txt.gz · Last modified: (external edit)