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--- r_notes [2019/02/11 18:01] – hyjeong
+++ r_notes [2022/05/11 15:30] (current) – [정해영의 R 노트] hyjeong
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 ====== 정해영의 R 노트 ======
+Private 영역에 작성한 [[p:2019_r_note|2019 R note]]도 상호 보완적인 관계에 있으니 계속 업데이트해 나갈 것.
 ===== 유용한 글 링크 =====
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   * [[http://www.r-tutor.com/r-introduction|R introduction]]
   * [[https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/|RStudio Cheat Sheets]]
+  * R Friend [[https://rfriend.tistory.com/118|R 단일 모집단 분석과 정규성 검정]]
 ===== R graphics =====
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 ===== 정해영의 블로그: 하루에 한 R 시리즈 =====
 [[http://blog.genoglobe.com/search?q=%ED%95%98%EB%A3%A8%EC%97%90+%ED%95%9C+R&max-results=20&by-date=true|[하루에 한 R] - 전체 블로그 글을 날짜순으로 정렬하여 보여주기]]
+===== KGOL 강좌 수강 노트 =====
+[[R을 활용한 통계학 개론(2018)]] [[https://www.kgol.org/course/course_view.jsp?id=9056&cid=4933&ch=course|강좌 소개]]
 ===== 짧은 팁 =====
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   * [[https://blog.genoglobe.com/2015/04/r-row.html|[하루에 한 R] 특정 조건에 맞는 row만 출력하기]]
   * [[https://blog.genoglobe.com/2017/12/r-row.html|[하루에 한 R] 매트릭스에서 특정 값을 갖는 row 추출하기]]
-antiSMASH 데이터셋을 사용한다. 첫 줄의 '#'는 삭제할 것.
+{{ :asdb_search_results.zip |antiSMASH 데이터셋}}을 사용한다. 첫 줄의 '#'는 삭제할 것.
   $ wget http://genoglobe.kr/kribb/_media/asdb_search_results.zip
   $ unzip asdb_search_results.zip
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   data[which(names(data) %in% sel.col)]
+  # Genus와 Species 컬럼을 결합하고 문자열 치환하기
+  data$Species = paste(data$Genus, data$Species, sep=" ")
+  data = data[,-1]
+  data$Species = gsub("Unclassified", "sp.", data$Species)
+  # 다음과 같이 해도 된다.
+  #data[,2] = paste(data[,1], data[,2], sep=" ")
+  #data = data[,-1]
+  #data[,1] = gsub("Unclassified", "sp.", data[,1])
   # 조건에 맞는 row 전체 혹은 일부 컬럼만 추출하기
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   * {{ :anib_percentage_identity_paenibacillus.zip |ANI percent identity (pyani)}} - 51 Paenibacillus genomes. col/row label의 형식은 "GCF_000146875.3"이다.
   * {{ :asdb_search_results.zip |antiSMASH db file}} [[https://antismash-db.secondarymetabolites.org/#!/query|source link]] - search result using the keyword "Paenibacillus"