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--- post-processing_of_pacbio_assemblies_using_circlator [2018/04/17 13:20] – [Pilon] hyjeong
+++ post-processing_of_pacbio_assemblies_using_circlator [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1
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   (압축 해제 후 수정) jobs_016_016493_data_consensus.fasta
 다시 이를 Reference sequence로 등록한다. Name은 "균주명 consensus_01"로 한다. Job ID의 맨 끝자리 숫자가 1->3->5로 증가하고 있다.
-^ Step              ^ input                                | Outout                                                |
+^ Step              ^ input                                | Output                                                |
 | 1 (HGAP)          | SMRT cell                            | ..._jobs_016_016491_data_polished_assembly.fasta (1)  |
 | 2 (Resequencing)  | SMRT cell + 1 (sample polished_01)   | ..._jobs_016_016493_data_consensus.fasta (2)          |
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   * (인내심이 부족한 사람들을 위해) https://github.com/sanger-pathogens/circlator/wiki/Brief-instructions
-입력물은 contig sequence file과 corrected reads(fasta or fastq)이며, 기본 동작은 **all** task이다. 이를 실행하면 progcheck, mapreads, bam2reads, assemble, mergem clean 및 fixstart가 단계적으로 이루어진다. 기본 사용법은 다음과 같다. 첫줄의 $PATH 환경변수 설정은 각 상황에 맞게 알아서 실행하라.
+입력물은 contig sequence file과 corrected reads(fasta or fastq)이며, 기본 동작은 **all** task이다. 이를 실행하면 progcheck, mapreads, bam2reads, assemble, mergem clean 및 fixstart가 단계적으로 이루어진다. 기본 사용법은 다음과 같다. 첫줄의 $PATH 환경변수 설정은 각 상황에 맞게 알아서 실행하라. 예를 들어서 bioconda 환경에 circlator를 설치하여 사용할 수도 있는 것이다.
   (필요한 경우) $ pyenv global 3.5.1
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   $ circlator progcheck (optional)
   $ circlator all [options] <assembly.fasta> <corrected_reads.fasta> <output directory>
+===== 교정과 circlator, 어느 것을 먼저 할까? =====