Genome Informatics Laboratory at KRIBB

User Tools

Site Tools

Trace:
mg-globos

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revisionPrevious revision
Next revision		Previous revision
mg-globos [2019/11/16 08:48] – [소개의 글] hyjeongmg-globos [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1
Line 8: Line 8:
  
 다음의 파일을 다운로드한 뒤 [[https://www.oracle.com/virtualization/virtualbox/|Oracle VirtualBox]]에서 '파일->가상 시스템 가져오기'를 사용하여 설치하십시오. 다음의 파일을 다운로드한 뒤 [[https://www.oracle.com/virtualization/virtualbox/|Oracle VirtualBox]]에서 '파일->가상 시스템 가져오기'를 사용하여 설치하십시오.
-  * mg-GlobOS 0.12 (1911).ova (10 GB; MD5 checksum: eb5f7faefd684fb0c368adeb6658cf8a) [[https://drive.google.com/open?id=15xAx3Xe0meWmo7i5Io3iSLuzrGo8iosB|Link 1]]+  * mg-GlobOS 0.11 (1911).ova (10 GB; MD5 checksum: eb5f7faefd684fb0c368adeb6658cf8a) [[https://drive.google.com/open?id=15xAx3Xe0meWmo7i5Io3iSLuzrGo8iosB|Link 1]]
   * 설치 후 저장 공간을 늘려야 하므로 디스크에 100 GB 정도의 여유가 필요합니다. 다운로드하는 파일 자체와 압축 해제를 위한 공간은 별도입니다.    * 설치 후 저장 공간을 늘려야 하므로 디스크에 100 GB 정도의 여유가 필요합니다. 다운로드하는 파일 자체와 압축 해제를 위한 공간은 별도입니다. 
 첫 부팅을 하기 전에 '설정->시스템'에서 기본 메모리와 프로세서 개수를 각자의 환경에 맞게 수정하십시오. 기본 설정은 메모리 4096 MB, CPU는 2 개입니다. 최소한 8 GB의 메모리와 2 개의 CPU가 가상머신에 할당되어야 canu assembler를 실행할 수 있습니다. '설정->공유폴더는 다음과 같이 설정됩니다. 변경이 필요하면 원하는 폴더 경로를 사용하십시오. 폴더 이름은 vbox로 하는 것이 좋습니다. 첫 부팅을 하기 전에 '설정->시스템'에서 기본 메모리와 프로세서 개수를 각자의 환경에 맞게 수정하십시오. 기본 설정은 메모리 4096 MB, CPU는 2 개입니다. 최소한 8 GB의 메모리와 2 개의 CPU가 가상머신에 할당되어야 canu assembler를 실행할 수 있습니다. '설정->공유폴더는 다음과 같이 설정됩니다. 변경이 필요하면 원하는 폴더 경로를 사용하십시오. 폴더 이름은 vbox로 하는 것이 좋습니다.
Line 16: Line 16:
 실습용 자료는 (1) 입력용 파일만 포함된 day1_exercise_small.zip(1.79G)과 (2) 모든 결과물까지 포함하는 day1_exercise_full.zip(26.7G) 중에서 원하시는 것을 선택하여 다운로드하시기 바랍니다. 단, 06_3GS에서 사용한 대장균 유전체의 ~150x PacBio sequencing raw data([[https://s3.amazonaws.com/files.pacb.com/datasets/secondary-analysis/e-coli-k12-P6C4/p6c4_ecoli_RSII_DDR2_with_15kb_cut_E01_1.tar.gz|원본 파일]]는 .tar.gz 압축 파일의 용량만 해도 7.1 GB나 되어서 도저히 (1)에 담을 수가 없었습니다. 대신 필터링을 마친 pacbio_150x.fasta는 수록되어 있습니다. (1)를 사용하는 경우 이 데이터를 꼭 쓰시려면 위에 소개한 URL에서 직접 다운로드하시기 바랍니다. 실습용 자료는 (1) 입력용 파일만 포함된 day1_exercise_small.zip(1.79G)과 (2) 모든 결과물까지 포함하는 day1_exercise_full.zip(26.7G) 중에서 원하시는 것을 선택하여 다운로드하시기 바랍니다. 단, 06_3GS에서 사용한 대장균 유전체의 ~150x PacBio sequencing raw data([[https://s3.amazonaws.com/files.pacb.com/datasets/secondary-analysis/e-coli-k12-P6C4/p6c4_ecoli_RSII_DDR2_with_15kb_cut_E01_1.tar.gz|원본 파일]]는 .tar.gz 압축 파일의 용량만 해도 7.1 GB나 되어서 도저히 (1)에 담을 수가 없었습니다. 대신 필터링을 마친 pacbio_150x.fasta는 수록되어 있습니다. (1)를 사용하는 경우 이 데이터를 꼭 쓰시려면 위에 소개한 URL에서 직접 다운로드하시기 바랍니다.
   - day1_exercise_small.zip [[https://drive.google.com/open?id=1TAlNFGVTIhxMvLu-2m_LVGfI9elKefTk|link 1]]   - day1_exercise_small.zip [[https://drive.google.com/open?id=1TAlNFGVTIhxMvLu-2m_LVGfI9elKefTk|link 1]]
-  - day1_exercise_full.zip+  - day1_exercise_full.zip - 용량이 너무 커서 제공하기 곤란합니다. 인실리코젠의 ftp 서버를 이용하십시오.
  
 자료 파일은 가상머신의 공유폴더(C:\vbox)에서 압축을 해제하십시오. 자료 파일은 가상머신의 공유폴더(C:\vbox)에서 압축을 해제하십시오.
Line 31: Line 31:
 처음부터 저장공간의 용량을 넉넉하게 잡아서 가상머신을 만들어 .ova 파일로 배포하면 사용자 여러분에게는 가장 편리하겠지만 그만큼 전송을 받을 파일이 커집니다. 그래서 .ova 파일은 10 GB 내외로 맞추어서 제작하여 배포하고, 설치한 뒤에 용량을 늘리는 방법을 택한 것입니다. 처음부터 저장공간의 용량을 넉넉하게 잡아서 가상머신을 만들어 .ova 파일로 배포하면 사용자 여러분에게는 가장 편리하겠지만 그만큼 전송을 받을 파일이 커집니다. 그래서 .ova 파일은 10 GB 내외로 맞추어서 제작하여 배포하고, 설치한 뒤에 용량을 늘리는 방법을 택한 것입니다.
  
-CentOS 기반의 가상머신에서 저장소 용량 늘리는 방법은 [[https://wangin9.tistory.com/entry/vbox-centos7-memory|잉구블로그]]의 글을 그대로 따라서 하시면 됩니다. 가상 시스템을 종료한 상태에서 윈도우 호스트 측에서 VBoxManage %%--%%resize명령을 주어서 .vdi 파일을 원하는 용량으로 키우고, CentOS 안에서 파티션을 변경시켜야 합니다. +CentOS 기반의 가상머신에서 저장소 용량 늘리는 방법은 [[https://wangin9.tistory.com/entry/vbox-centos7-memory|잉구블로그]]의 글을 그대로 따라서 하시면 됩니다. 가상 시스템을 종료한 상태에서 윈도우 호스트 측에서 VBoxManage modifyhd <VDI 파일명> %%--%%resize <MB 단위의 원하는 크기>명령을 주어서 .vdi 파일을 원하는 용량으로 키우고, CentOS 안에서 파티션을 변경시켜야 합니다. 
  
 {{ ::vboxmanage_resize.png?400 |}} {{ ::vboxmanage_resize.png?400 |}}
mg-globos.1573861709.txt.gz · Last modified: 2021/03/17 13:09 (external edit)