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--- metamos_test_2017 [2017/03/23 14:53] – [runPipeline의 이해] hyjeong
+++ metamos_test_2017 [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1
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 ===== Candidatus Carsonella ruddii 샘플을 이용한 테스트 =====
-MetAMOS의 샘플 데이터는 160 kb의 작은 유전체를 지닌 bacterial endosymbiont "Candidatus Carsonella ruddii PV"의 50x read를 사용하는 것으로 되어있다. fasta 및 fastq 파일과 reference(complete)가 전부 존재한다.
+MetAMOS의 샘플 데이터는 160 kb의 작은 유전체를 지닌 bacterial endosymbiont "Candidatus Carsonella ruddii PV"의 50x read를 사용하는 것으로 되어있다. fasta 및 fastq 파일과 reference(complete)가 전부 존재한다. _pe_가 암시하듯이 interleaved 형태의 paired end sequence이다.
   8000000 bp / 100000 seqs; 80.0 average length -- carsonella_pe_filt.fna
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 === runPipeline -c kraken -d test1 -k 55 -f Assemble,MapReads,FindORFS,Annotate,Propagate,Classify,Abundance ===
+이렇게 하면 run_pipeline_test.sh와 거의 같아진다. 그러나 결과는 나아지지 않았다. **도저히 이해하기 어렵지만 run_pipeline_test.pl의 마지막 라인과 같은 형식으로 하지 않으면 잘 되지 않는다는 뜻이다.**
 ==== run_pipeline_test.sh의 실패 원인은? ====
 MetAMOS 설치 뒤 가장 먼저 실행하는 [[https://github.com/marbl/metAMOS/blob/v1.5rc3/Test/run_pipeline_test.sh|run_pipeline_test.sh]] 스크립트는 **FindScaffoldORFs 스텝에서 에러**가 발생한다.