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--- metamos_test_2017 [2017/03/23 09:37] – [run_pipeline_test.sh의 실패 원인은?] hyjeong
+++ metamos_test_2017 [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1
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 ===== Candidatus Carsonella ruddii 샘플을 이용한 테스트 =====
-MetAMOS의 샘플 데이터는 160 kb의 작은 유전체를 지닌 bacterial endosymbiont "Candidatus Carsonella ruddii PV"의 50x read를 사용하는 것으로 되어있다. fasta 및 fastq 파일과 reference(complete)가 전부 존재한다.
+MetAMOS의 샘플 데이터는 160 kb의 작은 유전체를 지닌 bacterial endosymbiont "Candidatus Carsonella ruddii PV"의 50x read를 사용하는 것으로 되어있다. fasta 및 fastq 파일과 reference(complete)가 전부 존재한다. _pe_가 암시하듯이 interleaved 형태의 paired end sequence이다.
   8000000 bp / 100000 seqs; 80.0 average length -- carsonella_pe_filt.fna
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 ==== runPipeline의 이해 ====
 -f STRING(force this step)과 -n STRING(step to skip)을 지정하지 않으면 MultiAlign, FunctionalAnnotation, FindRepeats, FindScaffoldORFS 단계를 생략한다. 실제로 사용된 명령어 라인은 output_directory/Logs/COMMANDS.log를 열어보면 그대로 나온다.
+=== runPipeline -d test1만 수행하면? ===
+default assembler인 SOAPdenovo(k-mer 31)에 의한 조립은 되지만 Abundance(no plot), Annotate(100% no hits) Classify (all unknown: 13 = 17 contigs + 6 scaffolds) 결과는 이상하다. Postprocess에 의하여 proba.ctg.fa와 proba.scf.fa가 나온다. 이제 옵션을 하나씩 추가해 보자.
+=== runPipeline -d test1 -k 55 -f Abundance,Annotate,Classify ===
+Abundance(no plot), Annotate(100% no hits) Classify (all unknown)
+=== runPipeline -d test1 -k 55 -c fcp -f Abundance,Annotate,Classify ===
+default annotate program인 FCP를 명시적으로 설정한다. 드디어 Annotate 결과가 나타났고 Classify도 100% Gammaproteobacteria로 나왔다. 그러나 Abundance는 여전히 플롯을 그리지 못한다.
+=== runPipeline -d test1 -k 55 -c kraken -f Abundance,Annotate,Classify ===
+-c kraken을 설정하면 Annotate(100% No hits), Classify(unknown) 그러나 Abundance는 플롯이 없다.
+=== runPipeline -c kraken -d test1 -k 55 -f Assemble,MapReads,FindORFS,Annotate,Propagate,Classify,Abundance ===
+이렇게 하면 run_pipeline_test.sh와 거의 같아진다. 그러나 결과는 나아지지 않았다. **도저히 이해하기 어렵지만 run_pipeline_test.pl의 마지막 라인과 같은 형식으로 하지 않으면 잘 되지 않는다는 뜻이다.**
 ==== run_pipeline_test.sh의 실패 원인은? ====
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 === Abundance/Annotate/Classify 결과가 비정상 ===
--c kraken을 -c fcp(default)로 바꾸면 Annotate와 Classify는 제대로 작동한다. 따라서 kraken의 설치상태가 완벽하지 않다고 보면 된다.
+-c kraken을 -c fcp(default)로 바꾸면 Annotate와 Classify는 제대로 작동한다. FCP가 default이므로 -c STRING 옵션을 아예 주지 않아도 될것 같으나 그렇지는 않다. 따라서 kraken의 설치상태가 완벽하지 않다고 보면 된다. 다른 위치에 설치한 minikraken_20141208 디렉토리를 /path/to/metAMOS-1.5rc3/Utilities/DB/kraken이란 명칭으로 심볼릭 링크를 만든 뒤 다시 실행하니 여전히 결과는 비어있다. 왜 그럴까? kraken을 실행한 커맨드를 찾아보았다.
+Annotate를 담당하는 소프트웨어는 FCP, Kraken 그리고 PhyloSift 3종이다.
 Abundance는 metaphyler가 담당한다.