metagenomics
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===== 16S rRNA-based ===== | ===== 16S rRNA-based ===== | ||
==== QiiME ==== | ==== QiiME ==== | ||
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==== Mothur ==== | ==== Mothur ==== | ||
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+ | ==== Others ==== | ||
+ | * [[16S rRNA sequencing data types]] | ||
+ | * [[custom scripts for 16S rRNA sequence analysis]] | ||
===== Taxonomic profiling from metagenomic shotgun sequences (without assembly) ==== | ===== Taxonomic profiling from metagenomic shotgun sequences (without assembly) ==== | ||
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GroopM, a companion of CheckM, can be used to recover genomes from metagenomic data.[[https:// | GroopM, a companion of CheckM, can be used to recover genomes from metagenomic data.[[https:// | ||
+ | ===== Shotgun metagenomic analysis 2022 ===== | ||
+ | 최근 들어서 입수한 메타게놈 자료의 분석을 위하여 새롭게 글 작성을 시작한다. 오래 전에 작성했던 위 내용의 해당 섹션을 보충하느니 차라리 새로운 섹션을 만들고, 필요하다면 별도의 위키 문서로 독립하는 것이 나을 것이다. Biostars에 실린 최근 질문과 답변(2022년 1월 20일 기준 4개월 전)이 훌륭한 시작점이 될 것이다. | ||
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+ | [[https:// | ||
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+ | Shotgun metagenomic analysis라고 하여 반드시 MAG(metagenome-assembled genome)을 중간물로 사용하는 것은 아니다. 예를 들어 마커 유전자 DB를 이용한 정밀한 phylogenetic analysis라면, | ||
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+ | [[metagenomic_data_assembly_pipeline]] | ||
metagenomics.txt · Last modified: 2022/07/07 10:30 by 207.46.13.204