Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- manipulation_of_ani_matrix_data_file_using_r [2023/02/15 16:58] – [Heatmap 그리기] hyjeong
+++ manipulation_of_ani_matrix_data_file_using_r [2023/02/15 17:04] (current) – [Label을 자유롭게 표시하기] hyjeong
@@ Line 173: / Line 173: @@
   > heatmap.2(as.matrix(ani),col=greenred(10),trace="none",scale="none",dendrogram=c("row"))
   > library(ComplexHeatmap)
-  > Heatmap(as.matrix(ani), name="test", row_names_gp = gpar(fontsize = 5), column_names_gp = gpar(fontsize = 5))
+  > Heatmap(as.matrix(ani), name="ANI", row_names_gp = gpar(fontsize = 5), column_names_gp = gpar(fontsize = 5))
+{{ :heatmap_20230215.png?400 |Heatmap()으로 그렸음.}}
 이번에는 row와 column을 서로 다른 방식으로 클러스터링해 보자. row는 임포트한 트리(ezTree_51_pfam_rooted.nwk, dendrogram 객체여야 함)를 기준으로 정렬하되 column은 ani 데이터프레임의 값으로 자체적인 클러스터링을 적용한다. 실제로 그려보니 별로 예쁘질 않다.
-  > Heatmap(as.matrix(ani), name="test", cluster_rows = tree.2, row_names_gp = gpar(fontsize = 5), column_names_gp = gpar(fontsize = 5))
+  > Heatmap(as.matrix(ani), name="ANI", cluster_rows = tree.2, row_names_gp = gpar(fontsize = 5), column_names_gp = gpar(fontsize = 5))
 row와 column 전부 tree.2를 기준으로 정렬해 보자.
   > Heatmap(as.matrix(ani), name="ANI", cluster_rows = tree.2, cluster_columns = tree.2, row_names_gp = gpar(fontsize = 5), column_names_gp = gpar(fontsize = 5))
@@ Line 188: / Line 188: @@
   ...
   > Heatmap(as.matrix(ani), name = "ANI", row_labels = key.2[rownames(ani)], row_names_gp = gpar(fontsize = 5), column_names_gp = gpar(fontsize = 5))
+{{ :heatmap_20230215b.png?400 |Row label을 치환하여 그린 heatmap. 데이터프레임 자체의 row label은 바뀌지 않았다.}}
 ComplexHeatmap의 활용법을 자세히 알아보려면 [[https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/index.html|Complete Reference]]를 참고하기 바란다.