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--- kribbuntu-focal_2205 [2022/08/30 09:07] – [개요] hyjeong
+++ kribbuntu-focal_2205 [2023/10/11 15:25] (current) – [응용 프로그램 설치와 관련한 힌트] hyjeong
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   - WSL에서 Ubuntu 20.04 설치
   - Ubuntu 20.04를 실행한 뒤 1) deb 패키지 업데이트 2) miniconda 설치 3) bioconda 패키지 설치 4) 기타 프로그램 설치
-  - SSL 인증서 설치(KRIBB 내에서만)
+  - SSL 인증서 설치(KRIBB 내에서 사용할 경우)
   - tar 파일로 export하기
   - tar 파일을 import하여 확인하기
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 ==== 응용 프로그램 설치와 관련한 힌트 ====
-  * **Canu**는 conda base environment에서 mamba를 이용하여 설치하라. 문제점: circlator에서 canu version을 제대로 인식하지 못한다. circlator 실행 spades를 사용하는 기본 조건이라면 문제가 없다. 문제 해결 방안은 [[https://github.com/sanger-pathogens/circlator/issues/152|여기]]를 참조하여라.
+  * **Canu**는 conda base environment에서 mamba를 이용하여 설치하라. 문제점: circlator에서 canu version을 제대로 인식하지 못한다. circlator를 실행할 때 spades를 사용하는 기본 조건이라면 문제가 없다. 문제 해결 방안은 [[https://github.com/sanger-pathogens/circlator/issues/152|여기]]를 참조하여라.
-  (base) $ conda install -c conda-forge -c bioconda -c defaults canu
+  (base) $ mamba install -c conda-forge -c bioconda -c defaults canu
   * **Prokka**는 conda base environment에서 mamba를 이용하여 설치하라.
-  (base) $ conda install -c conda-forge -c bioconda -c defaults prokka
+  (base) $ mamba install -c conda-forge -c bioconda -c defaults prokka
 아마 실행 단계에서 다음과 같은 어이없는 에러가 나올 것이다. ~/miniconda/bin/prokka를 편집기로 열어서 159번째 줄 근처에서 blastp와 makeblastdb의 MINVER를 2.1로 수정하여라. 이것은 일종의 꼼수에 해당하니, 완벽한 해결책을 원한다면 prokka >=1.14를 설치하면 된다는데(참고 글: [[https://github.com/tseemann/prokka/issues/449|Prokka does not recognize blast 2.10 as >= blast 2.9]]) bioconda channele에 공개된 prokka의 최신 버전은 1.13이다!
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   * WSL 내에서 애플리케이션을 실행하는 중에 메모리가 부족 에러가 난다면 [[https://joe.blog.freemansoft.com/2022/01/setting-your-memory-and-swap-for-wsl2.html|Understanding your WSL2 RAM and swap - Changing the default 50%-25%]]을 참조하여 사용 가능한 메모리를 늘리도록 한다.
-===== 실습용 스크립트 및 데이터 =====
+===== 실습용 스크립트 및 기타 자료 =====
+  * {{ :04_실습용_명령어_모음_220408_.xlsx |실습용 명령어(220408 버전)}}
+  * {{ :bioinfo:실습용_명령어_모음_220726_.xlsx |실습용 명령어(220726 버전)}}
+  * {{ :02_사전_준비_사항_20220323_.pdf |KRIBBuntu 설치를 위한 사전 준비 사항(220323)}} - Windows Terminal은 작업표시줄 검색창에서 '터미널'을 입력하여 실행해도 된다.