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--- kribbuntu-focal_2205 [2022/08/28 17:09] – [KRIBBuntu-focal_2205 distro 제작 및 재설치 과정] hyjeong
+++ kribbuntu-focal_2205 [2023/10/11 15:25] (current) – [응용 프로그램 설치와 관련한 힌트] hyjeong
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 ====== KRIBBuntu-focal_2205 distro 제작 및 재설치 과정 ======
+===== 개요 =====
-Conda base environment에서 되도록 많은 응용프로그램이 무난하게 돌아갈 수 있도록 조건을 잡느라 시간이 많이 걸렸다. 우분투 및 프로그램 설치, distro 파일 제작과 재설치를 통한 테스트를 족히 수십 차례는 진행한 것 같다. 2022년 3월 22일 드디어 myUbuntu distro 최초 버전이 나왔고 5월 31일 정식 공개용 버전인 **KRIBBuntu-focal_2205a**를 제작하였다. 두 디스트로는 전부 Ubuntu 20.04 LTS를 이용한 것이다. 2022년 7월 26일에는 관리자 권한을 되도록 배제하고 대부분의 프로그램을 'conda install <package>'로 설치하는 방법도 추가해 보았다.
+**KRIBBuntu**란 Linux용 Linux 하위시스템(Windows Subsystem for Linux, WSL)에서 실행되는 우분투 기반의 배포(distro)입니다. 우분투 20.04LTS(Focal Fossa)를 근간으로 만들어졌기에 KRIBBuntu-focal_YYMM이라는 별칭으로도 부릅니다. KRIBBunt는 Windows 컴퓨터에 가볍게 설치하여 미생물 유전체 데이터를 다루기 위한 목적으로 만들어졌습니다. 대부분의 응용프로그램은 conda 환경을 통하여 설치하였으며, 만약 여러분에게 리눅스 컴퓨터가 있다면 본 문서의 응용프로그램 설치 과정을 참조하여 직접 분석 환경을 만들 수 있을 것입니다. v2207에서는 관리자 권한('sudo' 명령어)를 쓰지 않고도 모든 응용프로그램을 설치해 보았으며, Windows 11 환경에서 테스트를 완료하였습니다. 아무쪼록 이 리소스가 여러분의 연구에 도움이 조금이라도 도움이 되기를 기원합니다.  --- //[[hyjeong@kribb.re.kr|Haeyoung Jeong]] 2022/08/30 08:45//
+Conda base environment에서 되도록 많은 응용프로그램이 무난하게 돌아갈 수 있도록 조건을 잡느라 시간이 많이 걸렸다. 우분투 및 프로그램 설치, distro 파일 제작과 재설치를 통한 테스트를 족히 수십 차례는 진행한 것 같다. 2022년 3월 22일 드디어 myUbuntu distro 최초 버전이 나왔고 5월 31일 정식 공개용 버전인 **KRIBBuntu-focal_2205a**를 제작하였다. 두 디스트로는 전부 Ubuntu 20.04 LTS를 이용한 것이다. 2022년 7월 26일에는 관리자 권한을 되도록 배제하고 대부분의 프로그램을 'conda install <package>'로 설치하는 방법도 추가해 보았다(**KRIBBuntu-focal_2207**).
+KRIBBuntu를 만드는 과정을 요약하면 다음과 같다. 1번 과정은 본 문서에서 설명하지 않았다.
+  - WSL 기능 활성화 및 터미널 앱 설치
+  - WSL에서 Ubuntu 20.04 설치
+  - Ubuntu 20.04를 실행한 뒤 1) deb 패키지 업데이트 2) miniconda 설치 3) bioconda 패키지 설치 4) 기타 프로그램 설치
+  - SSL 인증서 설치(KRIBB 내에서 사용할 경우)
+  - tar 파일로 export하기
+  - tar 파일을 import하여 확인하기
 ===== WSL에서 Ubuntu 20.04 LTS(Focal Fossa)설치 =====
 사용자명은 kribb, 암호는 Kribb#1234로 하였다.
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 ===== Google Drive 다운로드 링크 =====
-  * [[https://drive.google.com/file/d/1_X64zlYGl9Prapqv5KdPMyTGtrtOu6n6/view?usp=sharing|KRIBBuntu-focal_2205a.egg]](3.51GB) 다운로드 후 압축을 풀어서 tar 파일(9.24GB)로 전환한다. 압축 해제에는 [[https://kr.bandisoft.com/bandizip/|반디집]]을 추천한다. egg 파일의 MD5 hash는 5bc7181a8ff6f35ddae3775fc6fb9788이며, 압축을 해제하여 만들어진 tar 파일의 MD5 hash는 016a0ef6429f49482344ebb75e870dc5이다.
+  * [[https://drive.google.com/file/d/1_X64zlYGl9Prapqv5KdPMyTGtrtOu6n6/view?usp=sharing|KRIBBuntu-focal_2205a.egg]](3.51GB) 다운로드 후 압축을 풀어서 tar 파일(9.24GB)로 전환한다. egg나 xz 파일의 압축 해제에는 [[https://kr.bandisoft.com/bandizip/|반디집]]을 추천한다. egg 파일의 MD5 hash는 5bc7181a8ff6f35ddae3775fc6fb9788이며, 압축을 해제하여 만들어진 tar 파일의 MD5 hash는 016a0ef6429f49482344ebb75e870dc5이다.
-  * KRIBBuntu-focal_2207은 canu, flye, prokka등 추가 application을 설치하였으며, 패키지 또는 라이브러리 설치 과정에서 관리자 권한을 사용하지 않았다.
+  * [[https://drive.google.com/file/d/1ZVL5uafdDnPbtFguwH-_SJg51j_W0mkU/view?usp=sharing|KRIBBuntu-focal_2207.tar.xz]](3.03GB)는 canu, flye, prokka등 추가 application을 설치하였으며, 패키지 또는 라이브러리 설치 과정에서 관리자 권한을 사용하지 않았다. xz 파일의 MD5 hash는 0503526ac32bedcf08171f425195e123이며, 압축을 해제하여 만들어진 tar 파일(11.0GB)의 MD5 hash는 84bef9143ecd26b9165e5b28ab909f8d이다.
-===== 이 문서를 읽으시는 분들께 내리는 과제물 =====
+===== 이 문서를 읽으시는 분들께 내리는 과제물: 이대로 따라하면 KRIBBuntu-focal_2207이 됩니다 =====
 mamba를 conda('conda create' 및 'conda install') 대신 사용하면 패키지 및 환경 설치 작업이 훨씬 신속하게 이루어질 것이므로 이를 사용하기를 적극 권장한다. 그러나 'mamba activate <env>'를 사용하는 데에는 신중을 기하는 것이 좋다. 왜냐하면 <color #ed1c24>conda의 모든 subcommand를 아직 mamba가 대신하지는 못하기 때문</color>이다. 다음 명령은 mamba를 설치하는 방법이다.
   $ conda install mamba -n base -c conda-forge
 [[https://github.com/marbl/canu|canu assembler]]와 [[https://github.com/tseemann/prokka|prokka annotation tool]]을 직접 설치하는 것도 실력을 향상하는데 큰 도움이 될 것이다.
-==== 힌트 ====
+==== 응용 프로그램 설치와 관련한 힌트 ====
-  * **Canu**는 conda base environment에서 mamba를 이용하여 설치하라. 문제점: circlator에서 canu version을 제대로 인식하지 못한다. circlator 실행 spades를 사용하는 기본 조건이라면 문제가 없다. 문제 해결 방안은 [[https://github.com/sanger-pathogens/circlator/issues/152|여기]]를 참조하여라.
+  * **Canu**는 conda base environment에서 mamba를 이용하여 설치하라. 문제점: circlator에서 canu version을 제대로 인식하지 못한다. circlator를 실행할 때 spades를 사용하는 기본 조건이라면 문제가 없다. 문제 해결 방안은 [[https://github.com/sanger-pathogens/circlator/issues/152|여기]]를 참조하여라.
-  (base) $ conda install -c conda-forge -c bioconda -c defaults canu
+  (base) $ mamba install -c conda-forge -c bioconda -c defaults canu
   * **Prokka**는 conda base environment에서 mamba를 이용하여 설치하라.
-  (base) $ conda install -c conda-forge -c bioconda -c defaults prokka
+  (base) $ mamba install -c conda-forge -c bioconda -c defaults prokka
 아마 실행 단계에서 다음과 같은 어이없는 에러가 나올 것이다. ~/miniconda/bin/prokka를 편집기로 열어서 159번째 줄 근처에서 blastp와 makeblastdb의 MINVER를 2.1로 수정하여라. 이것은 일종의 꼼수에 해당하니, 완벽한 해결책을 원한다면 prokka >=1.14를 설치하면 된다는데(참고 글: [[https://github.com/tseemann/prokka/issues/449|Prokka does not recognize blast 2.10 as >= blast 2.9]]) bioconda channele에 공개된 prokka의 최신 버전은 1.13이다!
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   * WSL 내에서 애플리케이션을 실행하는 중에 메모리가 부족 에러가 난다면 [[https://joe.blog.freemansoft.com/2022/01/setting-your-memory-and-swap-for-wsl2.html|Understanding your WSL2 RAM and swap - Changing the default 50%-25%]]을 참조하여 사용 가능한 메모리를 늘리도록 한다.
-===== 실습용 스크립트 및 데이터 =====
+===== 실습용 스크립트 및 기타 자료 =====
+  * {{ :04_실습용_명령어_모음_220408_.xlsx |실습용 명령어(220408 버전)}}
+  * {{ :bioinfo:실습용_명령어_모음_220726_.xlsx |실습용 명령어(220726 버전)}}
+  * {{ :02_사전_준비_사항_20220323_.pdf |KRIBBuntu 설치를 위한 사전 준비 사항(220323)}} - Windows Terminal은 작업표시줄 검색창에서 '터미널'을 입력하여 실행해도 된다.