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--- gnu_parallel [2018/05/09 17:03] – [GNU Parallel 활용 가이드] hyjeong
+++ gnu_parallel [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1
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   $ parallel -a sourcefile {}
-{.}, {/} 등은 sourcefile에서 넘어오는 라인에 대하여 다양한 조작을 할 수 있게 만들어 준다. 상세한 설명은 man parallel을 해 보라.
+{.}, {/} 등은 sourcefile에서 넘어오는 라인에 대하여 다양한 조작을 할 수 있게 만들어 준다. SRR_Acc_List.txt에 SRA Run accession이 한 줄에 하나씩 들어있다고 가정하자. 이를 일괄적으로 다운로드하여 fastq로 전환하는 방법을 알아보자.
+  $ parallel -j 1 prefetch {} ::: $(cat SRR_Acc_List.txt)
+  $ parallel -j 1 fastq-dump --skip-technical -F --split-files -O fastq {} ::: $(cat SRR_Acc_List.txt)
+상세한 설명은 man parallel을 해 보라.
 ===== 외부 자료 =====
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   $ parallel --number-of-cores
+이런 바보! 그냥 명령행에서 nproc라고만 치면 된다!
 ==== BLAST 실행하기 ====