Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- gnu_parallel [2017/11/13 08:09] – hyjeong
+++ gnu_parallel [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1
@@ Line 22: / Line 22: @@
   $ parallel -a sourcelist -a destlist -j8 restrict -sitelen 4 -enzymes EcoRI,BamHI,HindIII -sequence {1} -outfile {2}
-만약 어떤 파일에 완벽한 상태의 command가 여러 줄 들어있고, 이를 병렬 실행하려면 어떻게 하면 좋을까? 다시말해서 parallel 명령어에 인수를 전달하는 것이 아니라 명령행 자체를 제공하려면? 아주 간단하다.
+**만약 어떤 파일에 완벽한 상태의 command가 여러 줄 들어있고, 이를 병렬 실행하려면 어떻게 하면 좋을까?** 다시말해서 parallel 명령어에 인수를 전달하는 것이 아니라 명령행 자체를 제공하려면? 아주 간단하다.
   $ parallel -a sourcefile {}
-{.}, {/} 등은 sourcefile에서 넘어오는 라인에 대하여 다양한 조작을 할 수 있게 만들어 준다. 상세한 설명은 man parallel을 해 보라.
+{.}, {/} 등은 sourcefile에서 넘어오는 라인에 대하여 다양한 조작을 할 수 있게 만들어 준다. SRR_Acc_List.txt에 SRA Run accession이 한 줄에 하나씩 들어있다고 가정하자. 이를 일괄적으로 다운로드하여 fastq로 전환하는 방법을 알아보자.
+  $ parallel -j 1 prefetch {} ::: $(cat SRR_Acc_List.txt)
+  $ parallel -j 1 fastq-dump --skip-technical -F --split-files -O fastq {} ::: $(cat SRR_Acc_List.txt)
+상세한 설명은 man parallel을 해 보라.
 ===== 외부 자료 =====
@@ Line 43: / Line 48: @@
   $ parallel --number-of-cores
+이런 바보! 그냥 명령행에서 nproc라고만 치면 된다!
 ==== BLAST 실행하기 ====