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--- genome_annotation [2017/04/27 10:36] – [Prokka] hyjeong
+++ genome_annotation [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1
@@ Line 13: / Line 13: @@
   $ prokka/bin/prokka --setupdb
 다음으로 prokka/bin을 PATH에 설정하는 것으로 실행 준비는 전부 끝난다.
+==== Bioconda를 통한 설치 ====
+based environment에 설치하면 된다.  --- //[[hyjeong@kribb.re.kr|Haeyoung Jeong]] 2018/08/20 11:00//
 ==== 실행 방법 ====
 Prokka GitHub 사이트의 [[https://github.com/tseemann/prokka#invoking-prokka|Invoking Prokka]] 항목을 참조하라.
+  $ prokka --kingdom Bacteria --outdir prokka_180820 --genus Escherichia --locustag LCV --rfam --cpus 24 pilon.fasta
+Locus tag을 지정하지 않으면 --outdir로 지정된 디렉토리 안에 같은 이름을 접두사로 하는 파일들이 생긴다.