extracting_mapped_reads
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| extracting_mapped_reads [2018/05/18 10:22] – [(SMAT) Indexing & mapping] hyjeong | extracting_mapped_reads [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1 | ||
|---|---|---|---|
| Line 34: | Line 34: | ||
| $ cat list_both list_single > list_all | $ cat list_both list_single > list_all | ||
| $ seqtk subseq reads_1.fastq list_all > subset_1.fastq | $ seqtk subseq reads_1.fastq list_all > subset_1.fastq | ||
| - | $ seqtk subseq reads_2.fastq list_all > subset_1.fastq | + | $ seqtk subseq reads_2.fastq list_all > subset_2.fastq |
| + | |||
| + | {{: | ||
| + | 첫번째 명령에서는 samtools view의 출력물 중에서 홀수 라인만을 추출하였다. 이렇게 하지 않으면 read name이 연달아 두 줄에 나타나기 때문이다(pair이므로) <= 그런데 지금 회고해 보니 정확하지 않음을 알 수 있었다. 왤까? --- // | ||
extracting_mapped_reads.1526606560.txt.gz · Last modified: (external edit)