extracting_mapped_reads
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| extracting_mapped_reads [2018/05/18 10:20] – [Extracting mapped reads] hyjeong | extracting_mapped_reads [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1 | ||
|---|---|---|---|
| Line 15: | Line 15: | ||
| ===== (SMAT) Indexing & mapping ===== | ===== (SMAT) Indexing & mapping ===== | ||
| SMALT v0.7.6은 bioconda 환경으로 설치해 두었다(base environment). | SMALT v0.7.6은 bioconda 환경으로 설치해 두었다(base environment). | ||
| + | |||
| $ smalt index -k 14 -s 8 REF reference.fasta | $ smalt index -k 14 -s 8 REF reference.fasta | ||
| $ smalt map -n 16 -f bam -o mapped.bam REF reads_1.fastq reads_2.fasta | $ smalt map -n 16 -f bam -o mapped.bam REF reads_1.fastq reads_2.fasta | ||
| $ samtools stats mapped.bam | grep ^SN | cut -f 2- # mapping report 출력 | $ samtools stats mapped.bam | grep ^SN | cut -f 2- # mapping report 출력 | ||
| + | | ||
| + | -k 14 -8의 의미는 reference.fasta 파일에서 길이 14 bp의 word를 매 8번째 위치마다 샘플링한다는 뜻이다. 이렇게 인덱스 처리된 reference sequence는 " | ||
| ===== Mapped read를 pair 형태로 꺼내는 방법 ===== | ===== Mapped read를 pair 형태로 꺼내는 방법 ===== | ||
| 나의 질문은 Biostars의 다음 질문과 매우 흡사하다. | 나의 질문은 Biostars의 다음 질문과 매우 흡사하다. | ||
| Line 31: | Line 34: | ||
| $ cat list_both list_single > list_all | $ cat list_both list_single > list_all | ||
| $ seqtk subseq reads_1.fastq list_all > subset_1.fastq | $ seqtk subseq reads_1.fastq list_all > subset_1.fastq | ||
| - | $ seqtk subseq reads_2.fastq list_all > subset_1.fastq | + | $ seqtk subseq reads_2.fastq list_all > subset_2.fastq |
| + | |||
| + | {{: | ||
| + | 첫번째 명령에서는 samtools view의 출력물 중에서 홀수 라인만을 추출하였다. 이렇게 하지 않으면 read name이 연달아 두 줄에 나타나기 때문이다(pair이므로) <= 그런데 지금 회고해 보니 정확하지 않음을 알 수 있었다. 왤까? --- // | ||
extracting_mapped_reads.1526606450.txt.gz · Last modified: (external edit)