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--- detection_of_recombination_in_bacterial_genomes [2018/06/15 11:17] – [Genome alignment의 생성] hyjeong
+++ detection_of_recombination_in_bacterial_genomes [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1
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   /data/anaconda2/bin/freebayes-parallel: line 40: ../vcflib/scripts/vcffirstheader: 그런 파일이나 디렉터리가 없습니다
-/data/anaconda2/bin/freebayes-parallel의 40번째 라인을 찾아가서 위 두 가지 유틸리티 앞에 붙은 상대경로를 지워버렸다. 이렇게 하니 비로소 정상적인 실행이 되었다.
+/data/anaconda2/bin/freebayes-parallel의 40번째 라인을 찾아가서 위 두 가지 유틸리티 앞에 붙은 상대경로를 지워버렸다. 이렇게 하니 비로소 정상적인 실행이 되었다. 일반적인 실행 방법은 다음과 같다.
+  $ snippy --cpus 16 --outdir mysnps --ref E_coli.gbk --R1 read_1.fastq.gz --R2 read_2.fastq.gz
+  $ snippy-core --prefix core mysnps1 mysnps2 mysnps2
+snippy-core 결과물인 core.full.aln(whole genome SNP alignment including invariant sites)을 gubbins에 이용하면 된다.
+==== Harvest suite (parsnp) ====
+[[http://harvest.readthedocs.io/en/latest/index.html|Harvest suite]]는 동일 종에 속하는 미생물 유전체를 신속하게 비교하여 core-genome alignment를 만들고 시각화하는 도구이다.
+  * Parsnp - core-genome alignment and analysis
+  * Gingr - interactive visualization of alignments, trees and variants
+  * HarvestTools - Archiving and postprocessing
+Parsnp가 기본적으로 생성하는 출력파일은 다음의 세 가지이다. Gingr에서 .ggr 파일을 열면 MFA 파일로 export할 수 있다. XMFA(eXtended Multi FastA) 파일의 포맷은 [[http://darlinglab.org/mauve/user-guide/files.html|여기]]에 설명되어 있다.
+  parsnp.ggr   parsnp.tree   parsnp.xmfa
+HarvestTools 유틸리티는 좀 더 다양한 포맷간의 전환을 도와준다. Gingr 혹은 harvesttools에서 전환 가능한 파일 포맷에 대한 상세한 내용은 [[https://harvest.readthedocs.io/en/latest/content/gingr/types.html|여기]]를 참고하라.
+  $ harvesttools -i parsnp.gingr -M multiFASTA.fna # (concatenated LCBs)
+이렇게 만들어진 multiFASTA 파일을 gubbins에 입력물로 제공해도 실행에는 문제가 없다. 그러나 LCB(locally collinear block)을 갭 없이 이어붙인 것이라서 원래의 좌표 정보가 더 이상 유효하지 않다. parsnp.xmfa를 정밀하게 parsing하면 reference coordinate에 맞추어서 각 LCB 사이에 알맞은 길이의 gap을 넣어서 연결한 서열을 만드는 것이 가능할지도 모른다. 하지만 그렇게 하느니 처음부터 whole genome alignment를 만드는 snippy를 쓰는 것이 바람직할 것이다.
 ===== Gubbins =====
+  * [논문] Rapid phylogenetic analysis of large samples of recombinant bacterial whole genome sequences using Gubbins. Nucl Acid Res 2015 [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25414349|PubMed]]
+  * [[https://www.sanger.ac.uk/science/tools/gubbinshttps://www.sanger.ac.uk/science/tools/gubbins|웹사이트]] [[https://github.com/sanger-pathogens/gubbins|GitHub]]
+BioConda 패키지를 이용하여 설치하였다(py35 environment).
+  $ run_gubbins.py dataset.aln
+  $ gubbins_drawer.py -o result.pdf dataset.final_tree.tre dataset.recombination_predictions.embl
+  $ gubbins_drawer.py -o results_SNPS.pdf dataset.final_tree.tre dataset.branch_base_reconstruction.embl
 ===== Visualization using phandango =====