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de_novo_assembly

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de_novo_assembly [2016/02/16 09:49] – [2. A5-miseq (ngopt)] hyjeongde_novo_assembly [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1
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   * A5-miseq([[http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/31/4/587.long|Bioinformatics. 2015 Feb 15;31(4):587-9]])은 파이프라인 구동에 필요한 모든 요소 프로그램이 패키지 안에 들어 있어서 이들을 별도로 설치할 필요가 없음   * A5-miseq([[http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/31/4/587.long|Bioinformatics. 2015 Feb 15;31(4):587-9]])은 파이프라인 구동에 필요한 모든 요소 프로그램이 패키지 안에 들어 있어서 이들을 별도로 설치할 필요가 없음
   * 어댑터 서열 제거와 trimming에는 trimmomatic, error correction에는 SGA, de novo assembly에는 IDBA_UD, scaffolding에는 SSPACE를 사용   * 어댑터 서열 제거와 trimming에는 trimmomatic, error correction에는 SGA, de novo assembly에는 IDBA_UD, scaffolding에는 SSPACE를 사용
-  * gzipped fastq file을 제공해도 됨+  * Interleaved file이나 gzipped fastq file을 제공해도 됨
   * '--begin=2 --end=5' 옵션으로 실행 단계(1~5)를 지정할 수 있음   * '--begin=2 --end=5' 옵션으로 실행 단계(1~5)를 지정할 수 있음
  
   $ /usr/local/Bio/a5_miseq_linux_20140604/bin/a5_pipeline.pl --threads=8 BL21-20x_1.fastq BL21-20x_2.fastq BL21-a5   $ /usr/local/Bio/a5_miseq_linux_20140604/bin/a5_pipeline.pl --threads=8 BL21-20x_1.fastq BL21-20x_2.fastq BL21-a5
-  $ /usr/local/Bio/bin/n50.pl auto_data_39/contigs.fa (결과의 확인)+  $ /usr/local/Bio/bin/n50.pl BL21-a5.final.scaffolds.fasta (결과의 확인)
de_novo_assembly.1455583754.txt.gz · Last modified: 2021/03/17 13:09 (external edit)