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--- data_visualization [2018/12/18 14:17] – [gplots 패키지의 heatmap.2() 함수 이용] hyjeong
+++ data_visualization [2023/02/15 10:43] (current) – [Heatmap 그림과 phylogenetic tree의 결합] hyjeong
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 === 컬럼의 배열 순서를 임의로 바꾸기 ===
+myord라는 벡터를 하나 생성하여 컬럼 이름을 여기에 순서대로 넣는다. 그리고 다음과 같이 하면 그만이다. 이는 row에 대해서도 똑같이 적용할 수 있다. 이렇게 쉬운 것을 모르고 for 구문을 쓸 궁리를 하다니!
+  > data_new = data3[, myord]
 === 특정 row만을 뽑아내어 후속 분석에 사용하고 싶다면 ===
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   > d = read.table("matrix_pyani.tab",sep="\t",header=T,row.names=1)
   > fit = hclust(dist(as.matrix(d)),method="average")
+  # heatmap.2() 함수는 complete agglomeration method를 클러스터링에 사용한다. average method는 UPGMA와 같다.
   > my_tree=as.phylo(fit)
   > write.tree(phy=my_tree,file="test.newick")
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 [[https://stackoverflow.com/questions/21727820/how-to-create-a-newick-file-from-a-cluster-in-r|How to create a newick file from a cluster in R?]]
-그 반대로, 다른 도구를 통해 만든 tree를 heatmap.2() 함수에 공급할 방법은 없을까? 내가 알기로 그것은 불가능하고, 아래에서 소개할 iTOL을 이용하는 것이 바람직하다. 물론 이것이 유일한 방법은 아니다.
+그 반대로, 다른 도구를 통해 만든 tree를 heatmap.2() 함수에 공급할 방법은 없을까? 내가 알기로 그것은 불가능하고, 아래에서 소개할 iTOL을 이용하는 것이 바람직하다. 물론 이것이 유일한 방법은 아니다. 바로 [[https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/|ComplexHeatmap 라이브러리]]가 있다.
+다음은 보다 상세한 heatmap 작성 관련 기술 문서이다.
+[[https://www.datanovia.com/en/lessons/heatmap-in-r-static-and-interactive-visualization/|Heatmap in R: Static and interactive visualization]] - heatmap(), heatmap.2(), interactive heatmap using 3dheatmap(), complexheatmap...
 ===== iTOL 이용하기 =====
 [[https://jonasjacek.github.io/colors/|256 color cheat sheet]]