User Tools

Site Tools


cog_assignment

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision
Previous revision
cog_assignment [2019/03/14 08:03]
hyjeong [COGNITOR 실행]
cog_assignment [2021/03/17 13:09] (current)
Line 65: Line 65:
 파일의 구조를 간단히 그림으로 설명하면 다음과 같다. 그림 아래에서 **GenQueryquery.p2o.csv**라는 파일명은 **GenQuery.p2o.csv**로 고쳐야 한다. 그림 파일의 원본이 없어서 볼썽사납지만 그대로 둔다. 파일의 구조를 간단히 그림으로 설명하면 다음과 같다. 그림 아래에서 **GenQueryquery.p2o.csv**라는 파일명은 **GenQuery.p2o.csv**로 고쳐야 한다. 그림 파일의 원본이 없어서 볼썽사납지만 그대로 둔다.
 {{ :cog.png?600 |}} {{ :cog.png?600 |}}
 +
 +이상의 작업을 하는 것이 너무 성가셔서 Gen1,fa, Gen2.fa.. 파일을 인수로 주면 query.fa 및 GenQuery.p2o.csv 파일을 만드는 스크립트 **process_COG_query.pl**를 하나 작성해 보았다.
 +
 +  #!/bin/sh
 +  
 +  # usage : process_COG_query.sh query1.fa query2.fa ...
 +  
 +  for query in "$@"
 +  do
 +      cat $query >> tmp.query.fa
 +      prefix=${query%.*}
 +      grep '>' $query | sed -e 's/^>//' | awk -v gen="$prefix" 'OFS=","{print $1,gen}' >> tmp.file
 +  done
 +  
 +  sed -e 's/^lcl|//' tmp.file > GenQuery.p2o.csv
 +  
 +  awk '/^>/ {
 +            split($0, field, "|")
 +    if (field[1] == ">lcl")
 +        {
 +        print
 +        }
 +    else
 +        {
 +        gsub(">",">lcl|", $0);
 +        print 
 +        }
 +    ;next}
 +  {print}' tmp.query.fa > query.fa
 +  
 +  rm tmp.query.fa tmp.file
  
 Query protein set와 COG protein에 대해서 blast DB를 만든다. 사용한 fasta file의 이름과 DB name이 다른 것에 유의한다. 혼동을 피하기 위해서 이렇게 한 것이니 각자 자율적으로 결정해도 된다. prot2003-2014.fa에서 만들어진 DB는 일정한 곳에 보관하여 계속 재사용하는 것이 좋을 것이다. Query protein set와 COG protein에 대해서 blast DB를 만든다. 사용한 fasta file의 이름과 DB name이 다른 것에 유의한다. 혼동을 피하기 위해서 이렇게 한 것이니 각자 자율적으로 결정해도 된다. prot2003-2014.fa에서 만들어진 DB는 일정한 곳에 보관하여 계속 재사용하는 것이 좋을 것이다.
Line 114: Line 145:
 [[findBestFromCOGs.pl|findBestFromCOGs.pl]]이라는 스크립트를 사용하여 GenQuery.COG.csv를 처리하면 각 protein query에 대한 best COG를 출력한다. [[findBestFromCOGs.pl|findBestFromCOGs.pl]]이라는 스크립트를 사용하여 GenQuery.COG.csv를 처리하면 각 protein query에 대한 best COG를 출력한다.
  
-  $ findBestFromCOGs.pl GenQuery.COG.csv+  $ findBestFromCOGs.pl GenQuery.COG.csv > GenQuery.COG.csv.bestHit 
 +  $ cat GenQuery.COG.csv.bestHit
   AND37645.1,448,1,448,32900.1,COG0593,sinlge   AND37645.1,448,1,448,32900.1,COG0593,sinlge
   AND37646.1,378,1,378,17170.9,COG0592,sinlge   AND37646.1,378,1,378,17170.9,COG0592,sinlge
cog_assignment.1552518205.txt.gz · Last modified: 2021/03/17 13:09 (external edit)