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cog_assignment

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cog_assignment [2021/08/10 12:38] – [COGNITOR 실행] hyjeongcog_assignment [2021/08/10 12:51] (current) – [Functional classification] hyjeong
Line 152: Line 152:
       my @temp = split /,/, $_;       my @temp = split /,/, $_;
       if ($temp[12] =~ /^(\d+)\-(\d+)$/) {       if ($temp[12] =~ /^(\d+)\-(\d+)$/) {
-         my ($start, $end) = ($1, $2);+         ($start, $end) = ($1, $2);
       }       }
       print OUT join ',', $temp[2], $temp[1], $temp[2], $temp[3], $start, $end, $temp[6], 0 . ",\n";       print OUT join ',', $temp[2], $temp[1], $temp[2], $temp[3], $start, $end, $temp[6], 0 . ",\n";
Line 183: Line 183:
  
 ==== Functional classification ==== ==== Functional classification ====
-COG의 각 functional class에 몇 개씩의 유전자가 분포하는지를 집계하고 싶다면 [[cogclass2018.pl|COGclass2018.pl]] 스크립트를 이용하라. 하나의 COG에 대하여 복수의 functional class가 있는 경우는 무작위로 하나만 선택한다.+COG의 각 functional class에 몇 개씩의 유전자가 분포하는지를 집계하고 싶다면 [[cogclass2018.pl|COGclass2018.pl]] 스크립트를 이용하라. 하나의 COG에 대하여 복수의 functional class가 있는 경우는 무작위로 하나만 선택한다. 이게 최선이 아닌 줄은 알지만 어쩔 수가 없어서...
  
   $ COGclass2018.pl GenQuery.COG.csv.bestHit > COGclass   $ COGclass2018.pl GenQuery.COG.csv.bestHit > COGclass
cog_assignment.1628566732.txt.gz · Last modified: 2021/08/10 12:38 by hyjeong