cmg-biotools의_활용
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| cmg-biotools의_활용 [2018/03/12 17:21] – [Bio-Linux 기능 실습] hyjeong | cmg-biotools의_활용 [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1 | ||
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| + | ====== CMG-biotools 기능 실습 ====== | ||
| + | ===== 개요 ===== | ||
| + | VirtualBox 환경에서 [[http:// | ||
| + | ===== GenBanke에서 파일 받기 ===== | ||
| + | $ gbk_get -a CP001509 > file.gbk | ||
| + | | ||
| + | ===== GenBank file에서 organism name 추출하기 ===== | ||
| + | $ gbk_ExtractName file.gbk (organism name을 파일명으로 하는 새로운 GenBank file 생성) | ||
| + | | ||
| + | ===== GenBank file에서 염기서열 출력하기 ===== | ||
| + | $ saco_convert –I genbank –O fasta file.gbk > file.fa | ||
| + | |||
| + | ===== GenBank file에서 유전자(nt)/ | ||
| + | $ gbk_ExtractGeneProt file.gbk (.fna, .fsa 생성) | ||
| + | |||
| + | ===== Prodigal을 이용한 유전자 예측하기 ===== | ||
| + | $ prodigalrunner file.fa (.gff, .gbk, .fna, .fsa 생성) | ||
| + | |||
| + | ===== Genome 기본 특성 구하기(크기, | ||
| + | $ stats_genomeDNA file.fa | ||
| + | |||
| + | ===== Genome atlast 그리기 ===== | ||
| + | $ atlas_createConfig –ref file.gbk | ||
| + | $ atlas –f file.gbk –c file.gbk.atlas.cf –o file.gbk.atlas.ps | ||
| + | $ evince file.gbk.atlas.ps | ||
| + | | ||
| + | ===== rRNA gene 찾기 ===== | ||
| + | $ rnamer –S bac –m ssu –f file.rrna file.fa (ssu for 5/8S, lsu 23/28S) | ||
| + | | ||
| + | ===== 5종의 대장균 유전체 서열을 이용한 BLAST atlas 그리기(가상머신에서는 장시간 소요) ===== | ||
| + | $ gbk_get -a NC_000913 > K-12.gbk | ||
| + | $ gbk_get -a CP001509 > BL21_DE3.gbk | ||
| + | $ gbk_get -a NC_002695 > O157_H7.gbk | ||
| + | $ gbk_get -a NC_011750 > IAI39.gbk | ||
| + | $ gbk_get NC_017634 > O83_H1.gbk | ||
| + | $ fox x in *gbk | ||
| + | > do | ||
| + | > gbk_ExtractGeneProt $x | ||
| + | > done | ||
| + | $ atlas_createConfig -ref K-12.gbk (K-12를 reference로 설정) | ||
| + | $ atlas_addBlastlane -f K-12.gbk.fsa -c K-12.gbk.atlas.cf -col 000090 -name K-12 (.cf 파일에 blast lane 추가) | ||
| + | $ atlas_addBlastlane -f BL21_DE3.fsa -c K-12.gbk.atlas.cf -col 009000 -name BL21_DE3 | ||
| + | $ atlas_addBlastlane -f IAI38.gbk.fsa -c K-12.gbk.atlas.cf -col 900000 -name IAI38 | ||
| + | $ atlas_addBlastlane -f O157_H7.gbk.fsa -c K-12.gbk.atlas.cf -col 000050 -name O157_H7 | ||
| + | $ atlas_addBlastlane -f O83_H1.gbk.fsa -c K-12.gbk.atlas.cf -col 005000 -name O83_H1 | ||
| + | $ atlas -f K-12.gbk -c K-12.gbk.atlas.cf -o K-12.gbk.blastatlas.ps | ||
| + | $ evince K-12.gbk.blastatlas.ps | ||
| + | | ||
| + | ===== BLAST matrix 그리기(가상머신에서는 장시간 소요) ===== | ||
| + | $ mkdir blastmatrix | ||
| + | $ cp *fsa blastmatrix | ||
| + | $ cd blastmatrix | ||
| + | $ matrix_createConfig > matrix.xml (표시되는 텍스트를 바꾸려면 .xml을 수정) | ||
| + | $ matrix -cpu 5 matrix.xml > blastmatrix.ps | ||
| + | $ evince blastmatrix.ps | ||
| + | |||
| + | ===== 참고자료 ===== | ||
| + | 리눅스 가상머신 환경에서 일루미나 read를 이용한 de novo assembly부터 genome annotation까지를 실행할 수 있는 [[http:// | ||
| + | |||
| + | ====== Bio-Linux 기능 실습 ====== | ||
| + | * 웹사이트: | ||
| + | * 설치 방법: http:// | ||
| + | |||
| + | ===== 설정 ===== | ||
| + | ==== 일반 ==== | ||
| + | 클립보드 공유를 ' | ||
| + | ==== 공유 폴더 ==== | ||
| + | 게스트 확장을 먼저 설치해야 한다. | ||
| + | {{ : | ||
| + | 자동 마운트를 설정하였으므로 이미 / | ||
| + | manager@bl8vbox[manager] df [ 8:41AM] | ||
| + | Filesystem | ||
| + | / | ||
| + | none | ||
| + | udev | ||
| + | tmpfs | ||
| + | none 5120 | ||
| + | none | ||
| + | none 102400 | ||
| + | vbox | ||