Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- bioinfo [2022/07/25 08:34] – [2022년] hyjeong
+++ bioinfo [2025/01/15 12:49] (current) – [Main topic list] hyjeong
@@ Line 3: / Line 3: @@
 이 사이트는 인터넷을 둘러보시는 여러분들에게 미생물 유전체정보학 또는 생명정보학 지식을 **체계적**으로 전달하기 위해 만든 것이 결코 **아닙니다**. 그저 제 기억을 보조하기 위한 수단으로 글을 쓰기 시작하였고, 혹여 제 위키사이트 방문자에게 도움이 되었다면 영광이겠습니다. Genome sequencing 기술이 끝없이 발달하고 있으므로 여기에 작성된 글 중 수 년이 지난 것은 이미 현실에 맞지 않을 것입니다.
-소박한 위키 엔진으로 구동되는 이곳은 새롭게 작성하거나 업데이트된 글들의 현황을 첫머리에 보여주는 기능이 없습니다. 찾아보면 그런 기능을 구현하는 플러그인이 있는지도 모르겠습니다. 또한 블로그처럼 최신 글이 가장 처음에 나타나지도 않습니다. 따라서 특정 주제의 글을 찾으려면 오른쪽 위의 검색창, 오른쪽의 목차, 또는 사이트맵 기능을 사용하시기 바랍니다. 호스팅 사이트라서 본 사이트 내의 위키 페이지는 구글에서 검색이 되지도 않습니다. 이를 어떻게 해결할지에 대해서는 고민하는 중입니다. 생명정보학(주로 미생물 유전체의 해독과 분석)과 관련한 주요 글은 이 위키 사이트보다 오히려 제 개인 [[http://blog.genoglobe.com/|블로그]]에 더 많은 것이 현실입니다. 차라리 생명정보학에 관한 글은 블로그에 지속적으로 작성하되, 이 위키사이트에는 별도의 페이지를 만들어서 블로그에 올렸던 글의 제목과 링크를 게시하는 것을 심각하게 고려하고 있습니다. --- //[[hyjeong@kribb.re.kr|Haeyoung Jeong]] 2017/10/12 08:23//
+소박한 위키 엔진으로 구동되는 이곳은 새롭게 작성하거나 업데이트된 글들의 현황을 첫머리에 보여주는 기능이 없습니다. 찾아보면 그런 기능을 구현하는 플러그인이 있는지도 모르겠습니다. 또한 블로그처럼 최신 글이 가장 처음에 나타나지도 않습니다. 따라서 특정 주제의 글을 찾으려면 오른쪽 위의 검색창, 오른쪽의 목차, 또는 사이트맵 기능을 사용하시기 바랍니다. 호스팅 사이트라서 본 사이트 내의 위키 페이지는 구글에서 검색이 되지도 않습니다. 이를 어떻게 해결할지에 대해서는 고민하는 중입니다. 생명정보학(주로 미생물 유전체의 해독과 분석)과 관련한 주요 글은 이 위키 사이트보다 오히려 제 개인 [[http://blog.genoglobe.com/|블로그]]에 더 많은 것이 현실입니다. 차라리 생명정보학에 관한 글은 블로그에 지속적으로 작성하되, 이 위키사이트에는 별도의 페이지를 만들어서 블로그에 올렸던 글의 제목과 링크를 게시하는 것을 심각하게 고려한 일도 있었습니다. 결국은 이 위키사이트에 모든 정보를 종합하여 [[bioinfo:prokaryotic_genome_analysis_manual_2023|Prokaryotic genome analysis manual]]이라는 이름으로 공개하게 되었습니다. 연구자로서 제 평생 업적 중 하나라고 생각하고 꾸준히 만들어 나가겠습니다. --- //[[hyjeong@kribb.re.kr|Haeyoung Jeong]] 2023/08/17 09:47//
 ===== 중요한 알림 또는 글 =====
   * [[SSL 인증서 문제의 해결 방법|리눅스에서 SSL 인증서 관련 오류의 해결 방법]]
+  * [[bioinfo:prokaryotic_genome_analysis_manual_2023|Prokaryotic genome analysis manual]] <- 앞으로 대부분의 자료는 이 문서 체계 하에 들어가게 될 것입니다
   * 작성 중인 글 [[Manipulation of ANI matrix data file using R|R을 이용하여 ANI 매트릭스 자료 다루기]]
   * 작성 중인 글 [[p:for_itol_data|iTOL data 파일 만드는 법]] (비공개)
@@ Line 32: / Line 33: @@
   * [[data_visualization]]
   * [[r_notes|정해영의 R 노트]], [[p:2019_r_note|2019 R note(비공개)]][[http://blog.genoglobe.com/search?q=%ED%95%98%EB%A3%A8%EC%97%90+%ED%95%9C+R&max-results=20&by-date=true|정해영의 블로그 [하루에 한 R] 시리즈]]
-  * [[unclassified]]
+  * [[unclassified|미분류(유용한 프로그램 소개 등)]]
   * [[anaconda_installation|Shared storage(NFS)에 anaconda 설치]]
   * Ortholog and paralog [[https://classes.soe.ucsc.edu/bme225/Fall07/lecture8_1.orthology.pdf|외부 자료]]
@@ Line 38: / Line 39: @@
   * [[doing_data_science]]
   * [[Massive PCR primer design]]
+  * [[bioinfo:일루미나_데이터의_qc와_기본_전처리|일루미나 데이터의 QC와 기본 전처리]]
 ----
 ===== 외부 생명정보학 교육 프로그램 참여 기록 =====
-==== 2022년 ====
+==== 2022년 미생물 유전체 분석 교육 ====
-  * {{ :사전_준비_사항_220627_.pdf |}}
+년에 내가 강사로서 참여한 총 3회의 대면 교육에서는 Windows Subsystem for Linux(WSL)에서 실행할 수 있는 우분투 20.04 기반의 배포(distro)를 사전에 제공하였다. 일명 'KRIBBuntu-focal'인 이 배포에는 일루미나 및 long read의 조립과 평가 및 주석화, 그리고 ANI 계산 등에 필요한 프로그램이 이미 설치된 상태이다. 배포 파일(tar 파일로는 9.2 GB, egg로 압축하면 3.5 GB)은 꽤 사이즈가 크고 내부에 포함하고 있는 개별 프로그램의 재배포에 대한 라이선스 상황을 잘 알지 못하므로 개별적으로 요청하거나 [[kribbuntu-focal_2205|KRIBBuntu-focal_2205 distro 제작 및 재설치 과정]] 문서를 참조하여 직접 설치해 보기 바란다.
-  * {{ :실습용_명령어_모음_220720_.xlsx |}}
+  * {{ :사전_준비_사항_220627_.pdf |}} - Windows 10에 WSL2 및 터미널 앱을 설치하는 방법; KRIBBuntu 배포를 설치하는 방법 등
-=== KOBIC 제44회 차세대 생명정보학 교육 워크샵 ===
+  * {{ :실습용_명령어_모음_220726_.xlsx |}} - 7월 22일 교육이 끝난 뒤 수정함. 대부분의 패키지를 일반 사용자 권한으로 설치하도록 바꾸었음.
-월 개최 예정 https://www.ibric.org/myboard/read.php?Board=bio_schedule1&id=259566
+=== KOBIC 제44회 차세대 생명정보학 교육 워크샵(7월 22일) ===
+[[https://www.ibric.org/myboard/read.php?Board=bio_schedule1&id=259566|BRIC에 올린 안내문]]
-=== 미생물중앙은행사업 ===
+=== KRIBB 내부 교육(7월 14일) ===
+=== 미생물중앙은행사업(4월 7일) ===
 WSL(Windows Subsystem for Linux)용의 distro를 만들어서 배포한 뒤 각자의 노트북 컴퓨터에서 실습 진행
     * [[building_myubuntu_distro|myUbuntu distro 만드는 과정 설명]]
-    * {{:02_사전_준비_사항_20220323_.pdf|교육을 위한 사전 준비}}
-    * {{:04_실습용_명령어_모음_220408_.xlsx|실습용 명령어 모음}}
 ==== 2019 유전체 데이터 분석 교육 - 미생물 유전체 및 메타지놈 분석 ====