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--- bioinfo:transcriptome_analysis_using_clc [2017/10/20 12:55] – [Metadata file 만들기] hyjeong
+++ bioinfo:transcriptome_analysis_using_clc [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1
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 ===== 관련 자료 링크 =====
   * [[https://www.qiagenbioinformatics.com/support/manuals/|User manual]](온라인 매뉴얼 및 PDF 매뉴얼)
-  * [[https://www.qiagenbioinformatics.com/support/tutorials/|튜토리얼 보관소]]
+  * [[https://www.qiagenbioinformatics.com/support/tutorials/|튜토리얼 보관소]]: Expression analysis 섹션 참고
+    - [[http://resources.qiagenbioinformatics.com/tutorials/Expression_analysis.pdf|Microarray-basd expression analysis]]([[http://resources.qiagenbioinformatics.com/testdata/RNA_Seq_Droso2.zip|샘플 데이터]]): RNA-seq에도 적용 가능하다.
+    - [[http://resources.qiagenbioinformatics.com/tutorials/RNASeq-droso.pdf|Expression analysis using RNA-Seq data]] Advanced RNA-Seq 무료 플러그인을 설치해야 한다.
   * 박테리아를 위한 transcriptome analysis(내부문서)는 [[../transcriptome_analysis|여기]]를 참조할 것
 ===== 개요 =====
-년 10월판(v10.1.1)을 기준으로 유전자 발현 분석 기능은 Toolbox의 **RNA-Seq Analysis**와 **Microarray and Small RNA Analysis**에 위치한다. 과거에는 Toolbox의 Transcriptomics Analysis라는 폴더 내에 RNA-Seq Analysis 기능이 있었다.
+년 10월판(v10.1.1)을 기준으로 유전자 발현 분석 기능은 Toolbox의 **RNA-Seq Analysis**(Advanced RNA-Seq 무료 플러그인
+ 설치 필요)와 **Microarray and Small RNA Analysis**에 위치한다. 과거에는 Toolbox의 Transcriptomics Analysis라는 폴더 내에 RNA-Seq Analysis 기능이 있었다.
 {{:bioinfo:제목_없음.png|}}
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 ==== Metadata file 만들기 ====
-메타데이터 파일은 외부에서 엑셀로 만든 것을 임포트해도 되고, 정보량이 많지 않다면 File -> New -> Metadata Table에서 직접 작성해도 무방하다. 여기에서는 후자, 즉 Metadata Table Editor에서 직접 표를 만드는 것을 전제로 설명한다.
+메타데이터 파일은 외부에서 엑셀로 만든 것을 임포트해도 되고, 정보량이 많지 않다면 File -> New -> Metadata Table에서 직접 작성해도 무방하다. 여기에서는 후자, 즉 Metadata Table Editor에서 직접 표를 만드는 것을 전제로 설명한다. CLC의 샘플 데이터 파일에서 추출한 메타데이터 파일은 {{ :bioinfo:drosophilametadata.xlsx |여기}}를 참조하라. 메타데이터 테이블은 Microbial Genomics Module의 기능을 활용하는 데에도 중요하게 쓰이므로 작성 및 편집 방법을 숙지해 두면 큰 도움이 될 것이다.
   - 'Set Uo Table...' 버튼을 클릭한다. 컬럼을 하나씩 추가하면서 이름과 설명을 붙인다. 즉 테이블의 기본 구조를 짜는 것이다. 어느 하나는 Key column으로 지정한다. 기존의 파일을 읽어들여서 구조를 짜는 것도 가능하다(Set Up Structure from File...).
   - 'Manage Data..' 버튼을 클릭한다. 여기에서는 데이터를 row 형태로 추가하는 것이다.