Genome Informatics Laboratory at KRIBB

User Tools

Site Tools

Trace:
bioinfo:tormes_pipeline을_이용한_bacterial_wgs_analysis

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revisionPrevious revision
Next revision		Previous revision
bioinfo:tormes_pipeline을_이용한_bacterial_wgs_analysis [2025/07/29 08:01] – hyjeongbioinfo:tormes_pipeline을_이용한_bacterial_wgs_analysis [2025/07/29 08:03] (current) – hyjeong
Line 1: Line 1:
 ====== TORMES pipeline를 이용한 bacterial WGS analysis ====== ====== TORMES pipeline를 이용한 bacterial WGS analysis ======
 +
 +[[prokaryotic_genome_analysis_manual_2023|상위 페이지 - Prokaryotic genome analysis manual]]
 +
 일루미나 플랫폼에서 생산된 미생물의 whole genome sequencing(WGS) analysis를 편리하게 도와주는 파이프라인인 [[https://github.com/nmquijada/tormes|TORMES]]를 소개한다. TORMES는 일루미나 시퀀싱 자료를 메타데이터 파일과 함께 제공하면 read에 대한 QC, 조립, reference 서열에 대한 순서 결정, MLST, annotation, 항생제 내성 유전자 예측 등을 자동적으로 실시하며, -g/--genera 옵션으로 genus를 특정하면(Escherichia와 Salmonella만 가능) plasmid replicon screening과 serotyping 등 상세한 분석을 추가적으로 실시한다. 결과 보고서는 RMarkdown 코드 파일로 제공된다. 일루미나 플랫폼에서 생산된 미생물의 whole genome sequencing(WGS) analysis를 편리하게 도와주는 파이프라인인 [[https://github.com/nmquijada/tormes|TORMES]]를 소개한다. TORMES는 일루미나 시퀀싱 자료를 메타데이터 파일과 함께 제공하면 read에 대한 QC, 조립, reference 서열에 대한 순서 결정, MLST, annotation, 항생제 내성 유전자 예측 등을 자동적으로 실시하며, -g/--genera 옵션으로 genus를 특정하면(Escherichia와 Salmonella만 가능) plasmid replicon screening과 serotyping 등 상세한 분석을 추가적으로 실시한다. 결과 보고서는 RMarkdown 코드 파일로 제공된다.
  
Line 22: Line 25:
 동일 종에 속하지 않은 여러 균주의 Illumina sequencing 데이터를 점검하기 위하여 TORMES를 이용하는 것도 가능하다. 이 때에는 --no_pangenome과 --no_mlst을 주는 것이 상식적으로 옳다. TOMES 1.1부터는 raw data가 아니라 이미 조립된 contig 서열을 분석 대상에 포함시킬 수 있게 되었다. Contig 서열을 사용하려면 metadata file의 두 번째 컬럼(Read1)을 ‘GENOME’으로 표기하고 세 번째 컬럼(Read2)에 Directory/FASTA_file을 넣는다. 2020년 10월 공개된 TORMES 1.2부터는 KRAKEN2와 RDP Classifier를 채용하는 등 성능이 확장되었다. TORMES 1.3에서는 [[https://github.com/nmquijada/tormes#installation|설치 방법]]이 개선되었다. 동일 종에 속하지 않은 여러 균주의 Illumina sequencing 데이터를 점검하기 위하여 TORMES를 이용하는 것도 가능하다. 이 때에는 --no_pangenome과 --no_mlst을 주는 것이 상식적으로 옳다. TOMES 1.1부터는 raw data가 아니라 이미 조립된 contig 서열을 분석 대상에 포함시킬 수 있게 되었다. Contig 서열을 사용하려면 metadata file의 두 번째 컬럼(Read1)을 ‘GENOME’으로 표기하고 세 번째 컬럼(Read2)에 Directory/FASTA_file을 넣는다. 2020년 10월 공개된 TORMES 1.2부터는 KRAKEN2와 RDP Classifier를 채용하는 등 성능이 확장되었다. TORMES 1.3에서는 [[https://github.com/nmquijada/tormes#installation|설치 방법]]이 개선되었다.
  
 +2025년 11월 현재 TORMES v2로 major update를 준비 중이라고 한다.
bioinfo/tormes_pipeline을_이용한_bacterial_wgs_analysis.1753743674.txt.gz · Last modified: by hyjeong