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bioinfo:tormes_pipeline을_이용한_bacterial_wgs_analysis

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bioinfo:tormes_pipeline을_이용한_bacterial_wgs_analysis [2025/07/29 08:02] – hyjeongbioinfo:tormes_pipeline을_이용한_bacterial_wgs_analysis [2025/07/29 08:03] (current) – hyjeong
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 ====== TORMES pipeline를 이용한 bacterial WGS analysis ====== ====== TORMES pipeline를 이용한 bacterial WGS analysis ======
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 +[[prokaryotic_genome_analysis_manual_2023|상위 페이지 - Prokaryotic genome analysis manual]]
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 일루미나 플랫폼에서 생산된 미생물의 whole genome sequencing(WGS) analysis를 편리하게 도와주는 파이프라인인 [[https://github.com/nmquijada/tormes|TORMES]]를 소개한다. TORMES는 일루미나 시퀀싱 자료를 메타데이터 파일과 함께 제공하면 read에 대한 QC, 조립, reference 서열에 대한 순서 결정, MLST, annotation, 항생제 내성 유전자 예측 등을 자동적으로 실시하며, -g/--genera 옵션으로 genus를 특정하면(Escherichia와 Salmonella만 가능) plasmid replicon screening과 serotyping 등 상세한 분석을 추가적으로 실시한다. 결과 보고서는 RMarkdown 코드 파일로 제공된다. 일루미나 플랫폼에서 생산된 미생물의 whole genome sequencing(WGS) analysis를 편리하게 도와주는 파이프라인인 [[https://github.com/nmquijada/tormes|TORMES]]를 소개한다. TORMES는 일루미나 시퀀싱 자료를 메타데이터 파일과 함께 제공하면 read에 대한 QC, 조립, reference 서열에 대한 순서 결정, MLST, annotation, 항생제 내성 유전자 예측 등을 자동적으로 실시하며, -g/--genera 옵션으로 genus를 특정하면(Escherichia와 Salmonella만 가능) plasmid replicon screening과 serotyping 등 상세한 분석을 추가적으로 실시한다. 결과 보고서는 RMarkdown 코드 파일로 제공된다.
  
bioinfo/tormes_pipeline을_이용한_bacterial_wgs_analysis.txt · Last modified: by hyjeong