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--- bioinfo:plasmidprofiler [2018/10/17 09:16] – [Running Plasmid Profiler] hyjeong
+++ bioinfo:plasmidprofiler [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1
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     * plasmid finder replicon database along with genes of interest (supplied but user-modifiable; 58.1 MB): **plasmidfinder_plusAMR.fasta** - 이것은 plasmid rep gene과 일부 AMR gene의 모임이다. 기본 DB에는 겨우 5 개의 AMR gene이 수록되어 있다. 서열 ID는 '(AMR)OXA181_JN20580' 형식이다.추가적으로 2145개의 AMR을 더한 것이 plasmidfinder_plusAMR2.fasta 파일이다(내가 만든 것).
   - ([[https://github.com/TGAC/KAT|KAT]]) unrepresented Gammaproteobacteria plasmid 서열을 제거하고 객 샘플에 대해서 개별적인 plasmid DB를 생성한다.
-  - ([[https://github.com/katholt/srst2|SRST2]]) 개별 plasmid DB에 read를 bowtie2로 매핑하여 putative plasmid hit을 찾는다.
+  - ([[https://github.com/katholt/srst2|SRST2]]) 개별 plasmid DB에 read를 bowtie2로 매핑하여 putative plasmid hit을 찾는다. At this stage of the pipeline, SRST2 is run using the “Custom Virulence Database” parameter with the individualized plasmid databases serving as the SRST2 database for their respective isolate.
   - (BLAST) SRST2에서 확인된 plasmid sequence로 custom BLAST DB를 만든 뒤 이를 대상으로 PlasmidFinder DB 유래 116개 plasmid replicon을 검색한다(MegaBLAST).
   - (Plasmid Profiler R 패키지) Heat map에 의한 visualization
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 **sftp를 통해서 대용량의 파일을 전송**하려면 다음과 같이 하여라. 웹 브라우저에서 전송 가능한 파일의 크기에는 한계가 있음에 유의할 것.
   # docker run -i -t -p 48888:80 -p 8022:22 -v /data/apps/galaxy_storage/:/export/ phacnml/plasmidprofiler_0_1_6
-sftp를 통한 파일 전송은 다음과 같이 8022번으로 접속하여 실행한다.
+sftp를 통한 파일 전송은 다음과 같이 8022번으로 접속하여 실행한다. 파일이 저장되는 위치는 /data/apps/galaxy_storage/ftp/admin@galaxy.org이다(root 접근 가능).
   $ sftp -v -oPort=8022 -o User=admin@galaxy.org localhost
 ==== Running Plasmid Profiler ====