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--- bioinfo:pan-genome_analysis [2023/06/27 14:06] – [Panseq을 이용한 균주 특이적 염기서열 추출] hyjeong
+++ bioinfo:pan-genome_analysis [2023/06/28 13:07] (current) – [Scoary: pan-genome-wide association study] hyjeong
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 Core/Accessary analysis 또는 loci selector 기능에 대해서는 매뉴얼을 참조하라.
-===== 유전체의 1:1 비교를 통해서 특이적 서열을 영역 정보화 함께 찾는 방법 =====
 ===== 기타 pan-genome 분석 도구 =====
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 Scoary의 입력물로는 gene_presence_absence.csv 파일과 더불어 trait table 파일(traits.csv)이 필요하다. Trait의 유무는 0과 1로 표현하되, 분석할 특성이 여러 개라면 콤마로 구분한다. 첫 컬럼은 균주명이고, 첫 줄은 제목에 해당한다. 다음은 trait table의 구조와 실행 사례이다.
+===== 읽어야 할 논문 =====
+[[https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-021-02473-1|Pandora: nucleotide-resolution bacterial pan-genomics with reference graphs]] Genome Biology (2021)