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--- bioinfo:long_read_sequencing_결과물_다루기 [2023/08/17 09:32] – [UniCycler] hyjeong
+++ bioinfo:long_read_sequencing_결과물_다루기 [2023/08/17 09:33] (current) – [Long read의 reference mapping] hyjeong
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 ==== Assembly graph의 구조 확인 ====
+LastGraph(Velvet), FASTA(SPAdes), 또는 GFA 등 de novo assembler가 만들어 내는 graph의 시각화에는 [[https://rrwick.github.io/Bandage/|Bandage]]를 활용한다. 이 프로그램은 Mac/Linux/Windows용을 같이 제공한다.
+  $ Bandage load assembly_graph.gfa
+인수 없이 Bandage라고만 입력하면 Bandage GUI가 작동하게 되며, File -> Load graph에서 그래프를 로드한 뒤 ‘Drawu graph’ 버튼을 클릭하면 화면에 시각화된 그래프가 표현된다.
 ===== Long read의 reference mapping =====
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   $ minimap2 -ax map-ont ref.fa ont-reads.fq > aln.sam # for Oxford Nanopore reads
   # Convert SAM to BAM
-  $ samtools view –b –S –o aln.bam aln.sam # samtools version  1.9 (for ‘-o’ option)
+  $ samtools view –b –S –o aln.bam aln.sam # samtools version # 1.9 (for '-o' option)