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bioinfo:long_read_assembly_2024

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bioinfo:long_read_assembly_2024 [2025/07/02 13:26] hyjeongbioinfo:long_read_assembly_2024 [2025/07/02 13:26] (current) hyjeong
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   * 작업 환경: Ubuntu 22.04.4 LTS   * 작업 환경: Ubuntu 22.04.4 LTS
   * conda zga environment - canu, flye 등 long read assembly와 관련한 것이 여기에 설치되어 있다.   * conda zga environment - canu, flye 등 long read assembly와 관련한 것이 여기에 설치되어 있다.
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 +===== minimap2-miniasm 파이프라인 =====
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 다시 이 문서를 이어서 쓰기 시작한 것은 2025년 여름이다. 같은 서버에서 conda 환경을 쓰지 않고 직접 필요한 프로그램, 즉 **minimap2** 2.24-r1122와 **miniasm** 0.3-r179을 GitHub 소스로부터 깔아서 설치하였다(/data/apps/). **racon** 1.5.0은 apt를 이용하여 설치하였고, 바이너리 파일은 전부 /usr/local/bin/에 복사하였다. 덩달아 필요했던 cmake는 좀 석연치 않은 상태로 설치되었다.  ChatGPT에게 물어서 nanopore long read를 이용한 빠른 조립과 consensus 생성까지 해 주는 스크립트를 작성하라고 하였다. 더 정확한 consensus 생성 소프트웨어는 medaka인데, 기억이 가물가물... bactopia environment에 medaka가 설치되었던 흔적은 있는데 제대로 실행이 되지는 않아서 mamba로 다시 설치하였다. 다시 이 문서를 이어서 쓰기 시작한 것은 2025년 여름이다. 같은 서버에서 conda 환경을 쓰지 않고 직접 필요한 프로그램, 즉 **minimap2** 2.24-r1122와 **miniasm** 0.3-r179을 GitHub 소스로부터 깔아서 설치하였다(/data/apps/). **racon** 1.5.0은 apt를 이용하여 설치하였고, 바이너리 파일은 전부 /usr/local/bin/에 복사하였다. 덩달아 필요했던 cmake는 좀 석연치 않은 상태로 설치되었다.  ChatGPT에게 물어서 nanopore long read를 이용한 빠른 조립과 consensus 생성까지 해 주는 스크립트를 작성하라고 하였다. 더 정확한 consensus 생성 소프트웨어는 medaka인데, 기억이 가물가물... bactopia environment에 medaka가 설치되었던 흔적은 있는데 제대로 실행이 되지는 않아서 mamba로 다시 설치하였다.
bioinfo/long_read_assembly_2024.txt · Last modified: by hyjeong