bioinfo:kmer_analysis
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| bioinfo:kmer_analysis [2018/09/04 18:58] – [사용법] hyjeong | bioinfo:kmer_analysis [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1 | ||
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| == K-mer filtering == | == K-mer filtering == | ||
| - | 이것은 read 단위가 아니라 사용자 정의 기준값 이내(혹은 바깥)에 위치하는 k-mer 자체(k-mer hash)를 뽑아내는 것이다. 기본 동작은 low..high 사이의 k-mer를 출력하는 것이나 -i [ --invert ] 옵션을 설정하면 경계치 외부의 것을 뽑아낸다. 이때에도 k-mer hash의 이름은 여전히 .k-mer-**in**.jf27이다. -s [ --separate ]를 -i와 함께 사용하면 경계 내부와 외부의 hash table을 별도로 출력한다. | + | 이것은 read 단위가 아니라 사용자 정의 기준값 이내(혹은 바깥)에 위치하는 k-mer 자체(k-mer hash)를 뽑아내는 것이다. 기본 동작은 low..high 사이의 k-mer를 출력하는 것이나 -i [ --invert ] 옵션을 설정하면 경계치 외부의 것을 뽑아낸다. 이때에도 k-mer hash의 이름은 여전히 .k-mer-**in**.jf27이다. -s [ --separate ]를 -i와 함께 사용하면 경계 내부와 외부의 hash table을 별도로 출력한다. |
| $ kat filter kmer --low_count=200 --high_count=500 --low_gc=2 --high_gc=18 AH10_149ng_1.fastq AH10_149ng_2.fastq | $ kat filter kmer --low_count=200 --high_count=500 --low_gc=2 --high_gc=18 AH10_149ng_1.fastq AH10_149ng_2.fastq | ||
| $ ls | $ ls | ||
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| == Sequence filtering == | == Sequence filtering == | ||
| Sequence(read)를 대상으로 필터를 적용한다. 오염을 제거하거나 오염된 read를 추출할 때, 혹은 high coverage region을 추출하고자 할때 쓰인다. khmer에서는 abundance 값을 제공하지만 kat filter seq에서는 인수로 공급한 k-mer hash 파일을 참조하여 이를 갖는 sequence를 필터링한다. 여기에서도 -i 및 -s 옵션을 사용 가능하다. 그리고 khmer에서는 read를 검사하다가 제거할 k-mer를 만나면 그 이후를 전체 read에서 잘라버리지만 kat filter seq는 특정 k-mer를 일정 수준 이상 포함하는 read(-T arg로 설정)을 남긴다. 개인적으로 생각할 때 매우 독특한 동작이다. | Sequence(read)를 대상으로 필터를 적용한다. 오염을 제거하거나 오염된 read를 추출할 때, 혹은 high coverage region을 추출하고자 할때 쓰인다. khmer에서는 abundance 값을 제공하지만 kat filter seq에서는 인수로 공급한 k-mer hash 파일을 참조하여 이를 갖는 sequence를 필터링한다. 여기에서도 -i 및 -s 옵션을 사용 가능하다. 그리고 khmer에서는 read를 검사하다가 제거할 k-mer를 만나면 그 이후를 전체 read에서 잘라버리지만 kat filter seq는 특정 k-mer를 일정 수준 이상 포함하는 read(-T arg로 설정)을 남긴다. 개인적으로 생각할 때 매우 독특한 동작이다. | ||
| + | |||
| + | Filter sequences based on whether those sequences contain specific k-mers. | ||
| + | |||
| + | The user loads a k-mer hash and then filters sequences (either in or out) depending on whether those | ||
| + | sequences contain the k-mer or not. The user can also apply a threshold requiring X% of k-mers to be | ||
| + | in the sequence before filtering is applied. | ||
| 따라서 오염, 즉 low abundant k-mer를 지닌 read를 제거하려면 다음과 같이 해야 할 것이다. | 따라서 오염, 즉 low abundant k-mer를 지닌 read를 제거하려면 다음과 같이 해야 할 것이다. | ||
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| - kat filter seq -i를 실행한다. 왜냐하면 위의 과정에서 얻는 k-mer를 갖지 **않는** read를 남겨야 하기 때문이다. | - kat filter seq -i를 실행한다. 왜냐하면 위의 과정에서 얻는 k-mer를 갖지 **않는** read를 남겨야 하기 때문이다. | ||
| - | 다음의 예제는 50 count 미만의 k-mer hash를 먼저 찾아내고, | + | 다음의 예제는 50 count 미만의 k-mer hash를 먼저 찾아내고, |
| $ kat filter kmer --low_count=50 -i AH10_149ng_1.fastq AH10_149ng_2.fastq | $ kat filter kmer --low_count=50 -i AH10_149ng_1.fastq AH10_149ng_2.fastq | ||
| $ ls | $ ls | ||
| - | AH10_149ng_1.fastq | + | AH10_149ng_1.fastq |
| + | $ kat filter seq --threshold 0.1 AH10_149ng_1.fastq AH10_149ng_2.fastq kat.filter.kmer-in.jf27 | ||
| + | $ ls kat.filter*fastq | ||
| + | kat.filter.kmer.in.R1.fastq | ||
| + | |||
bioinfo/kmer_analysis.1536055089.txt.gz · Last modified: 2021/03/17 13:09 (external edit)