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--- bioinfo:kmer_analysis [2018/09/04 14:28] – [사용법] hyjeong
+++ bioinfo:kmer_analysis [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1
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 ==== 사용법 ====
+=== 도움말 보기 ===
+  $ kat
+  $ kat gcp
+  $ kat filter seq
 === Hist mode ===
 Distinct k-mer의 히스토그램 파일(.hist)과 spectra hist plot(.hist.png)을 만든다.
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 {{ :bioinfo:kat-gcp.mx.png?400 |}}
+=== K-mer count hash의 비교 ===
+(작성 예정)
+=== Filtering ===
+== K-mer filtering ==
+이것은 read 단위가 아니라 사용자 정의 기준값 이내(혹은 바깥)에 위치하는 k-mer 자체(k-mer hash)를 뽑아내는 것이다. 기본 동작은 low..high 사이의 k-mer를 출력하는 것이나 -i [ --invert ] 옵션을 설정하면 경계치 외부의 것을 뽑아낸다. 이때에도 k-mer hash의 이름은 여전히 .k-mer-**in**.jf27이다. -s [ --separate ]를 -i와 함께 사용하면 경계 내부와 외부의 hash table을 별도로 출력한다. 이때 조심할 점은 원래 의도한 경계 내부에 해당하는 k-mer hash는 **out**이다!
+  $ kat filter kmer --low_count=200 --high_count=500 --low_gc=2 --high_gc=18 AH10_149ng_1.fastq AH10_149ng_2.fastq
+  $ ls
+  AH10_149ng_1.fastq AH10_149ng_2.fastq kat.filter.kmer-in.jf27
+  $ kat filter kmer --low_count=200 --high_count=500 --low_gc=2 --high_gc=18 -i -s AH10_149ng_1.fastq AH10_149ng_2.fastq
+  $ ls
+  AH10_149ng_1.fastq  kat-gcp.mx      kat.filter.kmer-in.jf27   kat.hist
+  AH10_149ng_2.fastq  kat-gcp.mx.png  kat.filter.kmer-out.jf27  kat.hist.png
+== Sequence filtering ==
+Sequence(read)를 대상으로 필터를 적용한다. 오염을 제거하거나 오염된 read를 추출할 때, 혹은 high coverage region을 추출하고자 할때 쓰인다. khmer에서는 abundance 값을 제공하지만 kat filter seq에서는 인수로 공급한 k-mer hash 파일을 참조하여 이를 갖는 sequence를 필터링한다. 여기에서도 -i 및 -s 옵션을 사용 가능하다. 그리고 khmer에서는 read를 검사하다가 제거할 k-mer를 만나면 그 이후를 전체 read에서 잘라버리지만 kat filter seq는 특정 k-mer를 일정 수준 이상 포함하는 read(-T arg로 설정)을 남긴다. 개인적으로 생각할 때 매우 독특한 동작이다.
+Filter sequences based on whether those sequences contain specific k-mers.
+The user loads a k-mer hash and then filters sequences (either in or out) depending on whether those
+sequences contain the k-mer or not.  The user can also apply a threshold requiring X% of k-mers to be
+in the sequence before filtering is applied.
+따라서 오염, 즉 low abundant k-mer를 지닌 read를 제거하려면 다음과 같이 해야 할 것이다.
+  - kat filter kmer -i을 실행하여 설정한 범위 바깥에 해당하는 k-mer hash를 얻는다.
+  - kat filter seq -i를 실행한다. 왜냐하면 위의 과정에서 얻는 k-mer를 갖지 **않는** read를 남겨야 하기 때문이다.
+다음의 예제는 50 count 미만의 k-mer hash를 먼저 찾아내고, 이를 일정 비율 이상 갖지 않는 read를 오염에 의한 것으로 간주하여 제거한다. MiSeq 기준의 300 bp read에 대해서 27-mer가 한번만 존재한다면 27/300 = 9%이다. 기본값인 0.1%로 해도 되겠다. 맨 마지막 단계에서 옵션을 줘야 하는가, 혹은 그렇지 않은가? 잘 생각해 보라!
+  $ kat filter kmer --low_count=50 -i AH10_149ng_1.fastq AH10_149ng_2.fastq
+  $ ls
+  AH10_149ng_1.fastq  AH10_149ng_2.fastq  kat.filter.kmer-in.jf27
+  $ kat filter seq --threshold 0.1 AH10_149ng_1.fastq AH10_149ng_2.fastq kat.filter.kmer-in.jf27
+  $ ls kat.filter*fastq
+  kat.filter.kmer.in.R1.fastq  kat.filter.kmer.in.R2.fastq