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--- bioinfo:k-bds [2025/01/10 17:25] – [72 prokaryotic genomes from KCTC] hyjeong
+++ bioinfo:k-bds [2025/01/16 12:18] (current) – [72 prokaryotic genomes from KCTC] hyjeong
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 '72 prokaryotic genomes from KCTC'라는 제목은 정확하지 않다. 'Genome sequencing of 72 prokaryotic strains provided by KCTC'라고 하는 것이 더 나을 것이다.
-년에 KRIBB에서 일루미나 플랫폼으로 생산했던 72개 균주의 raw sequencing data를 10년이 지나서 K-BDS의 KRA section에 등록하고자 한다. 일부는 Genome Announcements류의 저널을 통해서 이미 공개가 되었다. 개인적인 경험으로는 다음과 같이 //Acinetobacter baumannii//의 99개 균주에 대한 일루미나 시퀀싱 결과(조립 포함)을 NCBI에 등록했던 것([[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/?term=PRJNA448358|PRJNA448358]] - Multidrug resistant Acinetobacter baumannii strains isolated from blood of hospitalized patients)이 가장 큰 규모의 유전체 프로젝트였다.
+년에 KRIBB에서 일루미나 플랫폼(HiSeq 2000, 2 x 101 nt cycle)으로 생산했던 72개 균주의 raw sequencing data를 10년이 지나서 K-BDS의 KRA section에 등록하고자 한다. 일부는 Genome Announcements류의 저널을 통해서 이미 공개가 되었다. 개인적인 경험으로는 다음과 같이 //Acinetobacter baumannii//의 99개 균주에 대한 일루미나 시퀀싱 결과(조립 포함)을 NCBI에 등록했던 것([[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/?term=PRJNA448358|PRJNA448358]] - Multidrug resistant Acinetobacter baumannii strains isolated from blood of hospitalized patients)이 가장 큰 규모의 유전체 프로젝트였다.
 이번 등록 작업은 워낙 다양한 종을 포함하고 있어서 쉽지는 않을 것이다. 뿐만 아니라 현재의 prokaryotic genome-based taxonomy에 맞게 이름을 잘 붙이는 일이 중요하다. 그리고 sequencing read에 대한 QC도 다시 한번 살펴 볼 것이다. 이에 대한 상세한 내용은 [[72 prokaryotic genomes]]에 기록한다. 2025년 1분기에 완료하는 것을 목표로 한다.