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--- bioinfo:itol에서_annotated_tree_만들기 [2023/08/17 09:03] – [BSR matrix의 heatmap 표현] hyjeong
+++ bioinfo:itol에서_annotated_tree_만들기 [2023/08/17 09:06] (current) – [BSR matrix의 heatmap 표현] hyjeong
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 ===== BSR matrix의 heatmap 표현 =====
-LS-BSR에서 얻어진 마커 유전자에 대한 blast score ratio 매트릭스도 마찬가지 방법으로 정리하여 iTOL에서 heatmap 데이터셋으로 표현할 수 있다.
+LS-BSR에서 얻어진 마커 유전자에 대한 blast score ratio 매트릭스도 마찬가지 방법으로 정리하여 iTOL에서 heatmap 데이터셋으로 표현할 수 있다. LS-BSR의 설치 및 일반적인 사용 방법은 본 매뉴얼 내의 [[bioinfo:blast_score_ratio_bsr_을_이용한_마커_유전자의_탐색|다른 곳]]에서 설명하였다.
 앞에서 설명한 ANI 매트릭스는 column/raw의 이름이 iTOL 트리 자료의 leaf name 그대로이고 대각선에 대하여 대칭 구조이므로 원하는 자료만을 선별하거나 이름을 바꾸는 것 정도의 조작만 가하면 된다. 그러나 BSR 매트릭스는 각 유전체에 대한 BSR 값이 컬럼 단위로 위치하므로 이를 트랜스포즈해야 iTOL의 데이터셋 파일로 쓸 수 있게 된다. R에서 이를 실제로 어떻게 처리하는지 다음의 코드를 통해 알아보도록 한다.