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--- bioinfo:itol에서_annotated_tree_만들기 [2023/08/17 09:02] – [Heatmap 자료의 표현] hyjeong
+++ bioinfo:itol에서_annotated_tree_만들기 [2023/08/17 09:06] (current) – [BSR matrix의 heatmap 표현] hyjeong
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 ===== BSR matrix의 heatmap 표현 =====
+LS-BSR에서 얻어진 마커 유전자에 대한 blast score ratio 매트릭스도 마찬가지 방법으로 정리하여 iTOL에서 heatmap 데이터셋으로 표현할 수 있다. LS-BSR의 설치 및 일반적인 사용 방법은 본 매뉴얼 내의 [[bioinfo:blast_score_ratio_bsr_을_이용한_마커_유전자의_탐색|다른 곳]]에서 설명하였다.
 앞에서 설명한 ANI 매트릭스는 column/raw의 이름이 iTOL 트리 자료의 leaf name 그대로이고 대각선에 대하여 대칭 구조이므로 원하는 자료만을 선별하거나 이름을 바꾸는 것 정도의 조작만 가하면 된다. 그러나 BSR 매트릭스는 각 유전체에 대한 BSR 값이 컬럼 단위로 위치하므로 이를 트랜스포즈해야 iTOL의 데이터셋 파일로 쓸 수 있게 된다. R에서 이를 실제로 어떻게 처리하는지 다음의 코드를 통해 알아보도록 한다.
+  > bsr = read.table("RUN_toxins_bsr_matrix.txt",sep="\t",row.names=1,header=T,check=F)
+  > bsr.t = t(bsr)
+  # 자료 구조 확인용
+  > dim(bsr.t)
+  > View(bsr.t)
+  > row.names(bsr.t) = gsub("^.*_GCF_","GCF_",row.names(bsr.t))
+  > write.table(bsr.t,file="bsr_matrix_modified.csv",sep=",",quote=F)
+컬럼으로 전환된 마커 유전자의 순서는 markers.fasta(or .pep) 파일에 있던 것과 달라질 수 있다. 아마도 LS-BSR 프로그램 내부에서 FASTA 파일의 서열 ID를 추출하여 문자열 기준으로 다시 정렬을 하는 것으로 보인다. 원래 상태로의 재정렬이 필요하다면 R 환경에서 하는 것이 좋을 것이다. 바로 위의 “Heatmap 자료의 표현” 항목에서 컬럼의 일부만을 추출하는 방법을 참고하기 바란다.