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--- bioinfo:e-direct로_명령행에서_entrez_db_접근하기 [2023/06/22 17:23] – [미생물 대표 유전체 염기서열의 일괄 다운로드] hyjeong
+++ bioinfo:e-direct로_명령행에서_entrez_db_접근하기 [2023/06/22 17:26] (current) – [기본 개념 및 설치 방법] hyjeong
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 Entrez는 미국 NCBI가 보유한 biomedical database의 통합적 질의 시스템 혹은 웹 포털을 의미한다. NCBI에서는 유닉스 혹은 리눅스의 명령행 환경에서 Entrez에 직접 접속하여 검색을 실시하고 그 결과를 활용하는데 필요한 유틸리티를 제공하고 있는데, 이것이 바로 [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK179288/|Entrez Direct(E-Direct)]]이다. URL 구문을 이용하여 Entrez 시스템의 활용을 도와주는 API의 일종인 [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25501/|Entrez Programming Utilities(E-utilities)]]의 명령행 버전 정도로 이해하면 된다. Entrez의 모든 데이터베이스를 알아보려면  https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/einfo.fcgi를 접속해 보라.
-웹사이트에서 설명한 설치방법 외에도 biocond(entrez-direct) 또는 데비안 패키지(ncbi-entrez-direct)로도 제공되므로 이를 활용할 수 있다.
+웹사이트에서 설명한 설치방법 외에도 bioconda(entrez-direct) 또는 데비안 패키지(ncbi-entrez-direct)로도 제공되므로 이를 활용할 수 있다.
 설치와 간단한 사용법에 대한 동영상은 유튜브('[[https://youtu.be/rPDXGsLcTQ0|How to Install EDirect on Mac, Unix or Linux]]')에서 볼 수 있다. E-Direct는 사용자가 제시하는 질의에 대하여 **esearch**로 탐색을 실시하고, **efetch**로는 찾아낸 레코드를 원하는 포맷에 맞게 가져오며, **xtract**를 사용하여 프로그래밍을 하지 않고도 전단계의 명령어에서 반환되는 정보로부터 필요한 필드만을 추출하는 다단계로 이루어진다. 기본적으로 표준 입출력을 사용하므로 각 명령어는 파이프(|)로 연결하여 사용할 수 있다. [[https://ncbi-hackathons.github.io/EDirectCookbook/|EDirect Cookbook]]에서는 직접 복사하여 쓸 수 있는 풍부한 예제가 실려 있으며, 특히 [[https://github.com/NCBI-Hackathons/ncbi-hackathons.github.io/wiki/EDirect-Wiki!|EDirect Wiki!]]에도 참조할만한 정보가 많다. CVR(MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research)에서도 [[https://bioinformatics.cvr.ac.uk/ncbi-entrez-direct-unix-e-utilities/|NCBI Enterz Direct UNIX E-utilities]]라는 웹문서를 통해 몇 가지의 예제를 소개하였다.