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--- bioinfo:biosample_submission_to_k-bds [2025/01/24 15:57] – [입력의 실제 사례] hyjeong
+++ bioinfo:biosample_submission_to_k-bds [2025/01/24 16:21] (current) – [입력의 실제 사례] hyjeong
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 ===== 입력의 실제 사례 =====
-Culture collection에서 자원 분리에 대한 적지 않은 정보를 제공하므로 잘 확인한다.
+Culture collection에서 자원 분리에 대한 적지 않은 정보를 제공하므로 잘 확인한다. DSMZ가 비교적 충실하게 기본 정보를 많이 제공한다. 특히 DSMZ에서는 country 정보가 없는 경우 'country of origin unknown'라고 철저하게 적어 놓는 편이다.
   - 첫 두 컬럼인 **(A)생물군 종류**(= Microbe), **(B)샘플명**은 전부 채우도록 한다. 여기서의 샘플명은 나중에 입력하게 될 데이터의 연결 고리가 되므로 서로 일치해야 한다.
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   - 다음으로 중요한 정보는 **(T)샘플 유래 생물의 출처**이다. 이것은 **(P)숙주**와 함께 source group을 이루므로 둘 중 어느 하나는 채워야 한다.
     - **(G)숙주** 정보가 있다면 완전한 분류명으로 추가하라.
-  - 다음으로 중요한 정보는 **(S)샘플 유래 생물**(구 isolate)와 **(AF)균주, 계통**이다. 이들은 organism group을 이룬다. 균주, 계통 항목이 수집되지 않는 경우는 없을 것이다. 추가 정보가 있다면 샘플 유래 생물을 채운다.
+  - 다음으로 중요한 정보는 **(S)샘플 유래 생물**(구 isolate)와 **(AF)균주, 계통**이다. 이들은 organism group을 이룬다. 균주, 계통 항목이 수집되지 않는 경우는 거의 없으니 이 group을 채우지 못할 걱정을 할 필요는 없을 것이다. 추가 정보가 있다면 샘플 유래 생물을 채운다.
   - **(M)표본 식별자(specimen voucher)**가 필수 입력 항목인 것에 대해 나는 부정적인 입장이다. NCBI가 제공하는 BioSample의 [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/docs/attributes/|attribute]] 설명에서는 'Intended as a reference to the physical specimen that remains after it was analyzed.'라고 하였다. 미생물 시료라면 KCTC:12345와 같은 방식으로 적는 것이 일반적인데([[https://www.insdc.org/submitting-standards/controlled-vocabulary-specimenvoucher-qualifier/|controlled vocabulary]]), 항상 제공 가능한 상태로 시료가 남아있는 것은 아니기 때문이다.
 ===== 자원은행에서 분양받은 균주를 이용한 경우 =====