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--- bioinfo:biosample_submission_to_k-bds [2025/01/24 14:48] – [입력의 실제 사례] hyjeong
+++ bioinfo:biosample_submission_to_k-bds [2025/01/24 16:21] (current) – [입력의 실제 사례] hyjeong
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 ===== 입력의 실제 사례 =====
-  - 첫 두 컬럼(생물군 종류 = Microbe, 샘플명)은 전부 채우도록 한다. 여기서의 샘플명은 나중에 입력하게 될 데이터의 연결 고리가 되므로 서로 일치해야 한다.
+Culture collection에서 자원 분리에 대한 적지 않은 정보를 제공하므로 잘 확인한다. DSMZ가 비교적 충실하게 기본 정보를 많이 제공한다. 특히 DSMZ에서는 country 정보가 없는 경우 'country of origin unknown'라고 철저하게 적어 놓는 편이다.
-  - (E)생물질 제공자, (H)수집일자는 필수 항목이므로 채울 값이 없는 경우 'missing value reporting'으로라도 채워야 한다.
+  - 첫 두 컬럼인 **(A)생물군 종류**(= Microbe), **(B)샘플명**은 전부 채우도록 한다. 여기서의 샘플명은 나중에 입력하게 될 데이터의 연결 고리가 되므로 서로 일치해야 한다.
+  - **(E)생물질 제공자**, **(H)수집일자**는 필수 항목이므로 채울 값이 없는 경우 'missing value reporting'으로라도 채워야 한다.
+  - **(N)지리적 장소**도 필수 항목이다. INSDC에서 정의한 [[https://www.insdc.org/submitting-standards/geo_loc_name-qualifier-vocabulary/|지역명]]을 참조하여 기입하되 적당한 값이 없으면 'missing value reporting'으로라도 채워야 한다.
+  - 다음으로 중요한 정보는 **(T)샘플 유래 생물의 출처**이다. 이것은 **(P)숙주**와 함께 source group을 이루므로 둘 중 어느 하나는 채워야 한다.
+    - **(G)숙주** 정보가 있다면 완전한 분류명으로 추가하라.
+  - 다음으로 중요한 정보는 **(S)샘플 유래 생물**(구 isolate)와 **(AF)균주, 계통**이다. 이들은 organism group을 이룬다. 균주, 계통 항목이 수집되지 않는 경우는 거의 없으니 이 group을 채우지 못할 걱정을 할 필요는 없을 것이다. 추가 정보가 있다면 샘플 유래 생물을 채운다.
+  - **(M)표본 식별자(specimen voucher)**가 필수 입력 항목인 것에 대해 나는 부정적인 입장이다. NCBI가 제공하는 BioSample의 [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/docs/attributes/|attribute]] 설명에서는 'Intended as a reference to the physical specimen that remains after it was analyzed.'라고 하였다. 미생물 시료라면 KCTC:12345와 같은 방식으로 적는 것이 일반적인데([[https://www.insdc.org/submitting-standards/controlled-vocabulary-specimenvoucher-qualifier/|controlled vocabulary]]), 항상 제공 가능한 상태로 시료가 남아있는 것은 아니기 때문이다.
 ===== 자원은행에서 분양받은 균주를 이용한 경우 =====
 KCTC, ATCC, DSMZ, JCM, KMM 등의 culture collection(미생물은행, 약자 설명에 대해서는 [[https://jcm.brc.riken.jp/en/abbr_e|acronyms of other culture collections]]을 참조)에서 분양받은 균주를 이용하여 실험을 한 뒤 그 데이터를 BioSample에 등록하는 경우를 가정해 보자. 그러한 경우 (3-F) biomaterial provider_생물질제공자와 (65-AE) specimen voucher_표본 식별자 항목에 KCTC 번호만 기입해 놓고 분리 또는 숙주 관련 정보는 입력하지 않아도 좋은가? 사실 그 미생물을 자연계에서 분리한 것은 내가 아니기 때문에 대충 그렇게 처리해도 될 것 같은 생각은 든다. 이러한 정보가 필요하다면 미생물은행 웹사이트에 가서 살펴보거나, 거기에 나온 참고문헌(신종 보고 논문 등)을 찾으면 되니까 말이다. 하지만 BioSample 정보를 열람할 다른 사용자를 생각한다면 조금 수고스럽더라도 다른 정보를 기입해 주는 것이 좋을 것이다.