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--- bioinfo:batch_download_of_ncbi_genomes [2023/06/29 11:35] – [다운로드한 파일 이름의 일괄 변경] hyjeong
+++ bioinfo:batch_download_of_ncbi_genomes [2025/01/16 10:30] (current) – [다운로드 전용 유틸리티를 사용하는 방법] hyjeong
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 ===== 다운로드 전용 유틸리티를 사용하는 방법 =====
-간단한 방법으로는 [[https://github.com/kblin/ncbi-genome-download|ncbi-genome-download]]가 편리하다. 개별적인 assembly accession은 물론 사용자가 정의한 유전체의 그룹 단위로 다운로드할 수 있어 매우 유용하다. 맨 마지막 옵션으로는 bacteria, archaea, fungi, viral과 같은 group 정보를 반드시 주어야 한다. 이 스크립트는 실행할 때 날짜 기준으로 $HOME/.cache/ncbi-genome-download에 assembly summary file의 캐시를 생성한다. --no-cache 옵션을 사용하면 이를 무시할 수 있다. '--assembly-accession'('-A'와 동일) 파라미터는 단일 accession, 쉼표로 구분한 accession, 또는 파일 형태로 수록한 accession을 전부 받아들일 수 있어 매우 유용하다. 단지 종 및 균주 명칭만을 입수하기 위함이라면 뒤에서 소개할 NCBI EDirect 명령어 조합(esearch | efetch | xtract)보다 훨씬 빠르다.
+간단한 방법으로는 [[https://github.com/kblin/ncbi-genome-download|ncbi-genome-download]]가 편리하다. 개별적인 assembly accession은 물론 사용자가 정의한 유전체의 그룹 단위로 다운로드할 수 있어 매우 유용하다. 맨 마지막 옵션으로는 bacteria, archaea, fungi, viral과 같은 group 정보를 반드시 주어야 한다. 이 스크립트는 실행할 때 날짜 기준으로 $HOME/.cache/ncbi-genome-download에 assembly summary file의 캐시를 생성한다. %%--%%no-cache 옵션을 사용하면 이를 무시할 수 있다. '%%--%%assembly-accession'('-A'와 동일) 파라미터는 단일 accession, 쉼표로 구분한 accession, 또는 파일 형태로 수록한 accession을 전부 받아들일 수 있어 매우 유용하다. 단지 종 및 균주 명칭만을 입수하기 위함이라면 뒤에서 소개할 NCBI EDirect 명령어 조합(esearch | efetch | xtract)보다 훨씬 빠르다.
   $ ncbi-genome-download bacteria # RefSeq의 모든 박테리아 유전체 다운로드