Genome Informatics Laboratory at KRIBB

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bioinfo:anvio

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bioinfo:anvio [2018/07/11 11:13] – [Anvi'o로 할 수 있는 일] hyjeongbioinfo:anvio [2021/03/17 13:09] (current) – external edit 127.0.0.1
Line 5: Line 5:
   * Anvi'o project page http://merenlab.org/software/anvio/ "Anvi'o in a nutshell"   * Anvi'o project page http://merenlab.org/software/anvio/ "Anvi'o in a nutshell"
   * v5.1 "margaret" 소개 https://github.com/merenlab/anvio/releases   * v5.1 "margaret" 소개 https://github.com/merenlab/anvio/releases
-  * 현재 bioconda로 설치되는 최신 버전은 v4.0이다.  --- //[[hyjeong@kribb.re.kr|Haeyoung Jeong]] 2018/07/06 11:52//+  * 현재 bioconda로 설치되는 최신 버전은 v4.0이다. 이를 확인하려면 'anvi-profile --version'을 입력한다. --- //[[hyjeong@kribb.re.kr|Haeyoung Jeong]] 2018/07/06 11:52//
  
  
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 ===== Anvi'o로 할 수 있는 일 ===== ===== Anvi'o로 할 수 있는 일 =====
 +==== 개요 ====
 +
 [[http://merenlab.org/software/anvio/|Anvi'o project page]]에서 상단의 tutorials를 클릭하면 10 가지가 넘는 각 응용 분야 별의 튜토리얼이 준비되어 있다. 본격적인 실행에 들어가기에 앞서서 먼저 중요한 개념을 몇 가지 정의하고 넘어가자. 직접 de novo assembly를 하여 생성했거나 NCBI에서 다운로드한 genome이 있다면 이를 **external genome**이라 부른다. 이에 대비되는 **internal genome**은 anvi;o의 metagenomic analysis 결과로 얻어진 genome bin을 뜻한다. contig 파일은 반드시 .fa로 끝나야 하며, 점(.)은 파일명 안에 단 한번만 나와야 한다. 각 organism마다 **contigs database**로 전환된 contig는 **genomes storage**로 전환되어야 비로소 한 덩어리로 취급된다. [[http://merenlab.org/software/anvio/|Anvi'o project page]]에서 상단의 tutorials를 클릭하면 10 가지가 넘는 각 응용 분야 별의 튜토리얼이 준비되어 있다. 본격적인 실행에 들어가기에 앞서서 먼저 중요한 개념을 몇 가지 정의하고 넘어가자. 직접 de novo assembly를 하여 생성했거나 NCBI에서 다운로드한 genome이 있다면 이를 **external genome**이라 부른다. 이에 대비되는 **internal genome**은 anvi;o의 metagenomic analysis 결과로 얻어진 genome bin을 뜻한다. contig 파일은 반드시 .fa로 끝나야 하며, 점(.)은 파일명 안에 단 한번만 나와야 한다. 각 organism마다 **contigs database**로 전환된 contig는 **genomes storage**로 전환되어야 비로소 한 덩어리로 취급된다.
  
Line 82: Line 84:
       anvi-script-FASTA-to-contigs-db $i       anvi-script-FASTA-to-contigs-db $i
   done   done
 +  (# 필요하다면 anvi-run-ncbi-cogs을 이 단계에서 한다)
   $ anvi-gen-genomes-storage -e external-genomes.txt \   $ anvi-gen-genomes-storage -e external-genomes.txt \
                              -o ALL_GENOMES.h5 (or ALL_GENOMES.db)                              -o ALL_GENOMES.h5 (or ALL_GENOMES.db)
Line 117: Line 120:
  
 ANI 분석 결과물의 시각화는 똑같이 anvi-display-pan 명령을 사용한다. 처음에는 ANI 분석 결과가 보이지 않는다. 놀라지 말고 Layout 탭으로 가서 시각화하고 싶은 정보의 체크박스를 클릭한 뒤 Draw를 클릭하라. ANI 분석 결과물의 시각화는 똑같이 anvi-display-pan 명령을 사용한다. 처음에는 ANI 분석 결과가 보이지 않는다. 놀라지 말고 Layout 탭으로 가서 시각화하고 싶은 정보의 체크박스를 클릭한 뒤 Draw를 클릭하라.
 +
 +=== External gene call 정보를 이용하기 ====
 +
 +윗부분 'Anvi'o로 할 수 있는 일'의 개요 항목에 설명하였다.
 +
 +=== Layer란? ===
 +[[http://merenlab.org/2017/12/11/additional-data-tables/|Working with anvi'o additional data tables]]
 +
 +Anvi'o의 interactive display에서는 서열 데이터로부터 anvi'o 작업을 통해 분석된 데이터 외에도 tab-delimited file로 제공되는 외부 데이터도 표시할 수 있다. 
  
 === Gene cluster 탐색하기 === === Gene cluster 탐색하기 ===
Line 158: Line 170:
       anvi-run-ncbi-cogs -c $i --num-threads 20       anvi-run-ncbi-cogs -c $i --num-threads 20
   done   done
-COG data directory의 기본 위치는 /usr/local/lib/python3.5/dist-packages/anvio/data/misc/COG이다. 따라서 docker image를 실행하여 설치했다면 exit하는 순간에 지워질 것이다. 따라서 docker commit 명령을 이용하여 설치된 상태의 컨테이너를 별도의 이미지로 저장하는 것이 바람직하다. COG data의 위치는 --cog-data-dir로 변경 가능하다.+COG data directory의 기본 위치는 /usr/local/lib/python3.5/dist-packages/anvio/data/misc/COG이다. 따라서 docker image를 실행하여 설치했다면 exit하는 순간에 지워질 것이다. 따라서 docker commit 명령을 이용하여 설치된 상태의 컨테이너를 별도의 이미지로 저장하는 것이 바람직하다. COG data의 위치는 --cog-data-dir로 변경 가능하다. 그리고 앞에서도 언급했듯이 COG annotation을 한 다음에는 genomes storage를 다시 만들어서 기능 관련 정보가 채워야 한다.
  
 ==== 기타 노하우 ==== ==== 기타 노하우 ====
bioinfo/anvio.1531275189.txt.gz · Last modified: (external edit)