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--- bioinfo:anaconda_사용하기 [2023/06/21 09:30] – hyjeong
+++ bioinfo:anaconda_사용하기 [2023/06/21 10:27] (current) – [SSL-TSL HTTPS 접속에서 인증서 문제는 왜 발생하는가?] hyjeong
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 ====== Anaconda 사용하기 ======
+===== Conda, Anaconda, Miniconda =====
 [[https://docs.conda.io/en/latest/|Conda]]는 패키지 관리자의 일종이며 [[https://www.anaconda.com/|Anaconda]]는 python, R로 만들어진 과학 컴퓨팅 분야의 패키지 모음을 제공하는 배포판이다. Anaconda 설치 파일은 [[https://www.anaconda.com/download#downloads|이곳]]에서 각자의 시스템에 맞는 것을 골라서 사용하기 바란다. 라이선스와 가격 정책은 각자 알아보시길!
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 Channel이란 conda가 패키지를 찾는 외부 경로를 의미한다. 저장소라는 의미로 이해해도 좋다. [[https://bioconda.github.io/|Bioconda]]는 수많은 생명정보학 소프트웨어 패키지를 모아 놓은 채널에 해당한다.
-설치용량을 최소한도로 유지하고 싶다면 무료 minimal installer인 [[https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html|miniconda]]를 사용할 것을 추천한다. Anaconda와 Miniconda가 어떻게 다른지 궁금하다면 [[https://docs.conda.io/projects/conda/en/stable/user-guide/install/download.html|Downloading conda 웹문서]]를 참고하자.
+설치용량을 최소한도로 유지하고 싶다면 무료 minimal installer인 [[https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html|Miniconda]]를 사용할 것을 추천한다. Anaconda와 Miniconda가 어떻게 다른지 궁금하다면 [[https://docs.conda.io/projects/conda/en/stable/user-guide/install/download.html|Downloading conda 웹문서]]를 참고하자.
+Anaconda 또는 Miniconda를 설치하고 초기 설정하는 방법은 다음의 내부 문서를 참고하라.
+  * [[:setup_a_testing_server#mg-globos_011_1911_의_기본_환경_및_anaconda3_설치하기|실습용 서버에 프로그램 설치하기]] - 'mgGlobOS 0.11(1911)의 기본 환경 및 Anaconda3 설치하기' 섹션
+  * [[[[:kribbuntu-focal_2205#miniconda_및_실습용_프로그램_설치_bioconda_package|KRIBBuntu-focal_2205 distro 제작 및 재설치 과정]] - 'Miniconda 및 실습용 프로그램 설치' 섹션
+===== Mammba? =====
+Conda를 대체하기 위해 등장한 mamba package manager가 요즘은 꽤 쓸만하다.
+[[https://blog.genoglobe.com/2022/07/mamba-metagenome-binning.html|[정해영의 블로그] 맘바(mamba)는 무엇인가? - Metagenome binning 관련 도구를 설치하다가 만난 새로운 세계]]
+===== SSL-TSL HTTPS 접속에서 인증서 문제는 왜 발생하는가? =====
+Anaconda를 설치한 뒤 필요한 conda package를 다운로드하려는데 다음과 같은 짜증스런 메시지를 접하는 경우가 발생할 수 있다. R 패키지 다운로드에서도 비슷한 일이 일어날 수 있다.
+  Resolving ccb.jhu.edu... 128.220.233.141
+  Connecting to ccb.jhu.edu|128.220.233.141|:443... connected.
+  ERROR: cannot verify ccb.jhu.edu's certificate, issued by ‘CN=Somansa Root CA,O=Somansa,C=KR’:
+  Self-signed certificate encountered.
+이는 웹프록시 서버를 사용하여 사내 전산망을 보호하는 경우 흔히 일어나는 상황으로서, 내 블로그에서도 여러 차례 다룬 문제이기도 하다. 웹프록시는 ‘https:%%//%%’(443 port)로 시작하는 주소의 서버와 데이터를 주고받는 과정에서 외부의 인증서를 자체 발급한 것(self-signed certificate)처럼 바꾸게 된다. Git나 conda, curl, wget, pip 등 외부의 서버에서 파일을 가져오는 프로그램의 경우 이러한 자체 인증서는 적합하지 않은 것으로 생각하여 접속을 거부한다. 이럴 때에는 CA bundle 파일을 ~/.cert 디렉토리에 복사하고 ~/.condarc 파일에서 ssl_verify 항목을 다음과 같이 설정해야 한다.
+  ssl_verify: $HOME/.cert/Somansa_ROOT_CA.cer
+  channels:
+    - bioconda
+    - conda-forge
+    - defaults
+    - r
+따라서 Somansa_ROOT_CA.cer가 마치 공인된 CA bundle인 것처럼 만들어 주어야 한다. 윈도우 PC에서는 이 과정이 자동적으로 일어나거나 혹은 전산 관리자에 의해서 해결이 되므로 일반 사용자 수준에서는 이를 알아차리지 못한다.
+==== 인증서 문제를 해결하는 방법(1) - 인증 절차 건너뛰기 ====
+wget으로 파일을 받을 때에는 --no-check-certificate 옵션을 주도록 한다. R 패키지를 설치하려면 홈 디렉토리에 .Renviron 파일을 만든 다음 위에서 소개한 Somansa_ROOT_CA.cer 파일의 위치를 다음과 같이 지정하여 넣는다.
+  CURL_CA_BUNDLE=.cert/Somansa_ROOT_CA.cer
+Git 명령어를 사용할 때 SSL verify 문제를 만난다면 모든 https repository를 연결할 때 SSL 검증을 하지 않게 만들거나, 혹은 특정 환경변수를 바꾸어서 이 문제를 회피할 수 있다([[https://www.lesstif.com/gitbook/git-https-repository-ssl-14090808.html|참고 사이트]]).
+==== 인증서 문제를 해결하는 방법(2) - 인증서 추가 설치하기 ====
+[[[[:ssl_인증서_문제의_해결_방법|리눅스에서 SSL 인증서 문제의 해결 방법(v0.93)]] - 이것은 KRIBB의 전산망 내에서 해결하는 방법이다.