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--- bioinfo:72_prokaryotic_genomes [2025/03/10 14:03] – hyjeong
+++ bioinfo:72_prokaryotic_genomes [2025/03/10 14:43] (current) – [최종 정리] hyjeong
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 ===== 최종 정리 =====
-이 위키문서는 완벽하지 않다는 고백부터 하고 싶다.
+이 위키문서는 완벽하지 않다는 고백부터 하고 싶다. 완벽하게 설계한 계획에 따라 처음부터 끝까지 한번에 진행된 것이 아니기 때문이다. FASTQ raw data file에 포함된 오류, 프로그램 설치 오류 등이 중간에 발견되어 다시 처음으로 돌아간 일이 부지기수로 많았다. 예를 들어 GTDB-Tk는 1월 13일부터 3월 1일까지 총 11회를 실행하였다. 샘플의 이름이 바뀌고 quality 및 공개 여부에 따라 그룹이 바뀐 것도 많다. 따라서 가장 마지막에 위치한 이 섹션부터 읽는 것이 전체 상황을 파악하는데 더 도움이 될 수도 있다.
+  * Etc - [[https://kbds.re.kr/KAP241424|KAP241424]] Examples of low quality Illumina sequencing of prokaryotic genomes. 8 samples(이중에서 KIM3는 KB03으로 되살려서 KRA/KNA에 등록 중)
+  * KRA - [[https://kbds.re.kr/KAP241464|KAP241464]] Genome sequencing of microbial strains collected by Korean Collection for Type Cultures (KCTC). 56 samples이며, 이에 대한 KNA 데이터는 검수 중
+  * KRA - [[https://kbds.re.kr/KAP241474|KAP241474]] Methanobrevibacter smithii KB03 genome sequencing. 이어서 KNA 데이터 등록 예정
+  * Label-sample mismatch가 있는 8건의 샘플은 등록하지 않음
+개의 바이오프로젝트 전체를 아우를 umbrella project를 등록할 예정이다. 그러나 적당한 title/project로 쓸 문구가 이제는 없다. 너무나 많은 프로젝트를 생성한 것이 잘못이다.