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--- bioinfo:유전체_주석화_genome_annotation [2024/08/05 15:12] – [PGAP 사용하기] hyjeong
+++ bioinfo:유전체_주석화_genome_annotation [2025/05/23 14:49] (current) – [PGAP 사용하기] hyjeong
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 ===== PGAP 사용하기 =====
-Prokaryotic Genome Annotation System(PGAP, [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/|NCBI]] or [[https://github.com/ncbi/pgap|GitHub]])은 세균 유전체의 자동 주석화를 위하여 NCBI에서 공식적으로 사용하는 프로그램이다. 여러 개 유전체 서열에 대하여 신속하게 주석화를 하려면 Prokka가 매우 편리하지만, 대용량의 DB를 참조하여 주석화를 실시하는 PGAP이 더욱 양질의 결과를 산출하게 된다. 원래 PGAP은 RefSeq genome의 주석화용으로 내부적으로만 쓰이다가 누구나 설치할 수 있는 형태로 배포되기에 이르렀다. 유튜브에는 사용자의 유전체를 PGAP으로 직접 주석화하는 방법을 소개하는 [[https://youtu.be/pNn_-_46lpI|동영상]]이 올라와 있다. 설치와 사용 방법에 대한 상세한 설명은 PGAP 위키 사이트의 [[https://github.com/ncbi/pgap/wiki/Quick-Start|Quick-Start]]를 참고하도록 한다. Standalone 버전이 처음 나왔을 떄에 비하면 설치 방법이 훨씬 간단해진 것 같다. PGAP 버전 번호는 ‘YYYY-MM-DD.build####’의 형식을 따른다. 2023년 6월 22일에 설치한 input-2023-05-17.build6771 버전의 설치 후 용량은 32GB 정도이다. PGAP은 conda와 상관이 없다.
+Prokaryotic Genome Annotation System(PGAP, [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/|NCBI]] or [[https://github.com/ncbi/pgap|GitHub]])은 세균 유전체의 자동 주석화를 위하여 NCBI에서 공식적으로 사용하는 프로그램이다. 여러 개 유전체 서열에 대하여 신속하게 주석화를 하려면 Prokka가 매우 편리하지만, 대용량의 DB를 참조하여 주석화를 실시하는 PGAP이 더욱 양질의 결과를 산출하게 된다. 원래 PGAP은 RefSeq genome의 주석화용으로 내부적으로만 쓰이다가 누구나 설치할 수 있는 형태로 배포되기에 이르렀다. 유튜브에는 사용자의 유전체를 PGAP으로 직접 주석화하는 방법을 소개하는 [[https://youtu.be/pNn_-_46lpI|동영상]]이 올라와 있다. 설치와 사용 방법에 대한 상세한 설명은 PGAP 위키 사이트의 [[https://github.com/ncbi/pgap/wiki/Quick-Start|Quick-Start]]를 참고하도록 한다. Standalone 버전이 처음 나왔을 떄에 비하면 설치 방법이 훨씬 간단해진 것 같다. PGAP 버전 번호는 ‘YYYY-MM-DD.build####’의 형식을 따른다. 2025년 5월 23일에 최신 버전인 2025-05-06.build7983로 업데이트하였다. PGAP을 설치하고 활용할 때에는 conda가 필요하지 않다.
   # 현재 배포 중인 PGAP의 최신 버전 확인하기
   $ curl --silent "https://api.github.com/repos/ncbi/pgap/releases/latest" | grep -Po '"tag_name": "\K.*?(?=")' > VERSION
   $ cat VERSION
--07-18.build7555
+-05-06.build7983
-PGAP은 docker 환경을 사용하므로, 사용자는 관리자이거나 sudo 권한을 갖고 있어야 한다. PGAP 배포판에 포함된 샘플 유전체 서열을 대상으로 주석화를 실행하는 방법은 다음과 같다. pgap.py 스크립트는 /data/apps/pagp에 있다고 가정한다.
+PGAP은 docker 환경을 사용하므로, 사용자는 관리자이거나 sudo 권한을 갖고 있어야 한다. PGAP 배포판에 포함된 샘플 유전체 서열을 대상으로 주석화를 실행하는 방법은 다음과 같다. pgap.py 스크립트는 /data/apps/pagp에 있다고 가정한다. 파일이 설치되는 위치는 $HOME/.pgap을 기본으로 하지만 환경변수 PGAP_INPUT_DIR를 통해 임의로 지정할 수 있다.
   # docker가 실행 중인지 확인