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--- bioinfo:유전체_주석화_genome_annotation [2023/06/29 11:19] – [ResFinder 사용하기] hyjeong
+++ bioinfo:유전체_주석화_genome_annotation [2025/07/29 08:15] (current) – [Bakta] hyjeong
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 ====== 유전체 주석화(genome annotation) ======
+[[prokaryotic_genome_analysis_manual_2023|상위 페이지 - Prokaryotic genome analysis manual]]
 주석화 결과를 외부와 공유하고 관련 유전체와 비교 분석을 할 목적이라면 [[https://rast.nmpdr.org/|RAST(Rapid Annotation using Subsystem Technology) server]]에 회원 등록을 하고 염기서열 파일을 업로드하는 것으로 충분하다. 그러나 로컬 컴퓨터에 직접 프로그램을 깔아서 유전체 주석화를 실시하고 싶은 욕구는 누구나 갖고 있을 것이다. 어떤 프로그램이 있는지 알아보자.
 ===== Prokka 사용하기 =====
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 일본에서 개발한 DFAST(DDBJ Fast Annotation and Submission)의 stand-alone version인 [[https://github.com/nigyta/dfast_core|dfast_core]]는 functional annotation을 위해 사용하는 데이터베이스 용량이 prokka보다는 좀 더 크고, pseudogene에 대한 정보를 주기 때문에 유용하다. DFAST는 [[https://dfast.ddbj.nig.ac.jp/|웹 버전]]으로도 사용 가능하다.
+===== Bakta =====
+Bakta([[https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/mgen/10.1099/mgen.0.000685|논문]], [[https://github.com/oschwengers/bakta|GitHub]])는 isoate genome과 MAG 및 플라스미드의 신속하고 표준화된 주석화를 위한 커맨드라인 툴이다. UniRef100, UniRef90, UniParc 기반의 폭넓고 표준화된 커스텀 데이터베이스를 사용하여, 특정 세균 계통에 구애받지 않고 다양한 종을 포괄적으로 처리하며, MD5 해시 기반으로 알려진 단백질 서열(Identical Protein Sequences; IPS)을 고속 식별하여, RefSeq WP, UniRef100, UniParc UPI 식별자를 정확하게 부여한다. [[https://github.com/laxeye/zga|ZGA pipeline]]에서도 빠른 주석화 도구로 쓰인다.
 ===== PGAP 사용하기 =====
-Prokaryotic Genome Annotation System(PGAP, [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/|NCBI]] or [[https://github.com/ncbi/pgap|GitHub]])은 세균 유전체의 자동 주석화를 위하여 NCBI에서 공식적으로 사용하는 프로그램이다. 여러 개 유전체 서열에 대하여 신속하게 주석화를 하려면 Prokka가 매우 편리하지만, 대용량의 DB를 참조하여 주석화를 실시하는 PGAP이 더욱 양질의 결과를 산출하게 된다. 원래 PGAP은 RefSeq genome의 주석화용으로 내부적으로만 쓰이다가 누구나 설치할 수 있는 형태로 배포되기에 이르렀다. 유튜브에는 사용자의 유전체를 PGAP으로 직접 주석화하는 방법을 소개하는 [[https://youtu.be/pNn_-_46lpI|동영상]]이 올라와 있다. 설치와 사용 방법에 대한 상세한 설명은 PGAP 위키 사이트의 [[https://github.com/ncbi/pgap/wiki/Quick-Start|Quick-Start]]를 참고하도록 한다. Standalone 버전이 처음 나왔을 떄에 비하면 설치 방법이 훨씬 간단해진 것 같다. PGAP 버전 번호는 ‘YYYY-MM-DD.build####’의 형식을 따른다. 2023년 6월 22일에 설치한 input-2023-05-17.build6771 버전의 설치 후 용량은 32GB 정도이다.
+Prokaryotic Genome Annotation System(PGAP, [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/|NCBI]] or [[https://github.com/ncbi/pgap|GitHub]])은 세균 유전체의 자동 주석화를 위하여 NCBI에서 공식적으로 사용하는 프로그램이다. 여러 개 유전체 서열에 대하여 신속하게 주석화를 하려면 Prokka가 매우 편리하지만, 대용량의 DB를 참조하여 주석화를 실시하는 PGAP이 더욱 세밀하고 양질의 결과를 산출하게 된다. 원래 PGAP은 RefSeq genome의 주석화용으로 내부적으로만 쓰이다가 누구나 설치할 수 있는 형태로 배포되기에 이르렀다. 유튜브에는 사용자의 유전체를 PGAP으로 직접 주석화하는 방법을 소개하는 [[https://youtu.be/pNn_-_46lpI|동영상]]이 올라와 있다. 설치와 사용 방법에 대한 상세한 설명은 PGAP 위키 사이트의 [[https://github.com/ncbi/pgap/wiki/Quick-Start|Quick-Start]]를 참고하도록 한다. Standalone 버전이 처음 나왔을 떄에 비하면 설치 방법이 훨씬 간단해진 것 같다. PGAP 버전 번호는 ‘YYYY-MM-DD.build####’의 형식을 따른다. 2025년 5월 23일에 최신 버전인 2025-05-06.build7983로 업데이트하였다. PGAP을 설치하고 활용할 때에는 conda가 필요하지 않다.
   # 현재 배포 중인 PGAP의 최신 버전 확인하기
   $ curl --silent "https://api.github.com/repos/ncbi/pgap/releases/latest" | grep -Po '"tag_name": "\K.*?(?=")' > VERSION
   $ cat VERSION
--05-17.build6771
+-05-06.build7983
-PGAP은 docker 환경을 사용하므로, 사용자는 관리자이거나 sudo 권한을 갖고 있어야 한다. PGAP 배포판에 포함된 샘플 유전체 서열을 대상으로 주석화를 실행하는 방법은 다음과 같다. pgap.py 스크립트는 /data/apps/pagp에 있다고 가정한다.
+PGAP은 docker 환경을 사용하므로, 사용자는 관리자이거나 sudo 권한을 갖고 있어야 한다. PGAP 배포판에 포함된 샘플 유전체 서열을 대상으로 주석화를 실행하는 방법은 다음과 같다. pgap.py 스크립트는 /data/apps/pagp에 있다고 가정한다. 파일이 설치되는 위치는 $HOME/.pgap을 기본으로 하지만 환경변수 PGAP_INPUT_DIR를 통해 임의로 지정할 수 있다.
   # docker가 실행 중인지 확인
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 CGE 웹사이트에서 서비스하는 것은 resfinder.pl 스크립트이다. 이것은 실행 옵션이 다르고(예: 출력물 디렉토리를 사전에 생성할 필요가 없음) blastall을 사용하며, 모든 내성 DB에 대한 검색을 할 수가 없다. resfinder.pl에 직접 옵션을 주면 스크립트에 내장된 blastall 옵션(-p blastn -a 5 -F F)에 우선하여 적용된다. 그러나 -a <num_threads> 옵션 이외의 것을 바꾸는 것은 권장되지 않는다.
 ====ABRicate를 이용한 항생제 내성 병원성 인자(virulence factor) 유전자 예측 ====
+[[https://github.com/tseemann/abricate|ABRicate]]는 contig 혹은 유전체 서열을 대상으로 NCBI, CARD, ARG-ANNOT, Resfinder, MEGARES, EcOH, PlasmidFinder, Ecoli_VF 및 VFDB 등 다양한 DB에 대한 검색을 실시하여 항생제 내성과 병원성 인자를 예측하는 프로그램이다. Raw sequencing read(FASTQ)는 처리하지 못한다. 뒤에서 다룰 TORMES pipeline에 포함되어 있지만, 이 프로그램은 raw sequencing read을 입력물로 받아서 트리밍 등 전처리와 조립부터 출발하는 용도로 쓰인다. 따라서 이미 다른 방식으로 조립이 완료된 contig 서열 파일이 있다면 ABRicate를 사용하는 것이 편리하다.
-===== 이차대사물 생합성 유전자(biosynthetic gene cluster, BGC) 예측 =====
+  $ abricate --list
+  DATABASE	SEQUENCES	DBTYPE	DATE
+  ecoh	597	nucl	2018-Oct-20
+  card	2237	nucl	2018-Oct-20
+  ncbi	4579	nucl	2018-Oct-20
+  vfdb	2597	nucl	2018-Oct-20
+  plasmidfinder	263	nucl	2018-Oct-20
+  resfinder	3021	nucl	2018-Oct-20
+  ecoli_vf	2701	nucl	2018-Oct-20
+  argannot	1749	nucl	2018-Oct-20
+  $ abricate -db card contigs.fa
+  Using nucl database card:  2237 sequences -  2018-Oct-20
+  #FILE	SEQUENCE	START	END	GENE	COVERAGE	COVERAGE_MAP	GAPS	%COVERAGE	%IDENTITY	DATABASE	ACCESSION	PRODUCT
+  Processing: contigs.fa
+  Found 5 genes in contigs.fa
+  contigs.fa	Enterococcus	514111	515397	efmA	1-1287/1287	===============	0/0	100.00	100.00	card	AB467372.1:285-1572	efmA is an MFS transporter permease in  E. faecium.
+  contigs.fa	Enterococcus	1922156	1923199	efrB	45-1086/1086	========/======	6/6	95.76	75.05	card	HG970103.1:1-1087	efrB is a part of the EfrAB efflux pump and both efrA and efrB are necessary to confer multidrug resistance.
+  contigs.fa	Enterococcus	1923857	1925292	efrA	1-1434/1457	========/======	6/8	98.22	75.12	card	HG970100.1:1-1458	efrA is a part of the EfrAB efflux pump and both efrA and efrB are necessary to confer drug resistance.
+  contigs.fa	Enterococcus	2040199	2040747	AAC(6')-Ii	1-549/549	===============	0/0	100.00	99.82	card	L12710:1-550	AAC(6')-Ii is a chromosomal-encoded aminoglycoside acetyltransferase in Enterococcus spp.
+  contigs.fa	Enterococcus	2426678	2428156	msrC	1-1479/1479	===============	0/0	100.00	94.46	card	AF313494:1-1480	msrC is a chromosomal-encoded ABC-efflux pump expressed in Enterococcus faecium that confers resistance to erythromycin and other macrolide and streptogramin B antibiotics.
+여러 샘플에 대하여 ABRicate를 실행하였다면 abricate --summary 옵션을 이용하여 gene presence/absence matrix를 만들 수 있다. Contig 서열 파일에 대하여 각각 검색을 실시한 결과를 따로 갖고 있어도 되고, 한 파일에 여러 샘플에 대한 결과가 수록되어 있어도 무방하다.
+===== 이차대사물 생합성 유전자(biosynthetic gene cluster, BGC) 예측 =====
+[[https://antismash.secondarymetabolites.org/#!/start|antiSMASH bacterial version]]에 GenBank 파일을 업로드하여 분석을 실시한다. 웹서버에서는 동시에 돌릴 수 있는 작업의 수에 한도가 있으므로, local server에 설치하여 사용하는 것도 좋다. 공개된 미생물 유전체에 대하여 미리 예측된 BGC 정보를 검색하려면 [[https://antismash-db.secondarymetabolites.org/#!/start|antiSMASH database]]를 이용하라.