bioinfo:계통수_작성하기
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| bioinfo:계통수_작성하기 [2023/08/12 18:36] – hyjeong | bioinfo:계통수_작성하기 [2025/02/23 12:57] (current) – [Species level을 벗어나는 genome의 MSA를 얻으려면 - ezTree] hyjeong | ||
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| ===== Species level을 벗어나는 genome의 MSA를 얻으려면 - ezTree ===== | ===== Species level을 벗어나는 genome의 MSA를 얻으려면 - ezTree ===== | ||
| - | Roary는 하나의 species에 속하는 균주 유전체를 대상으로 core gene group을 동정한 뒤 이로부터 MSA를 생성해 낸다. 만약 분석 대상 미생물이 여러 species에 걸쳐 있다면 core gene이 잘 형성되지 않으므로 원하는 결과를 얻기 어렵다. 나는 이러한 상황에서는 [[https:// | + | Roary는 하나의 species에 속하는 균주 유전체를 대상으로 core gene group을 동정한 뒤 이로부터 MSA를 생성해 낸다. 만약 분석 대상 미생물이 여러 species에 걸쳐 있다면 core gene이 잘 형성되지 않으므로 원하는 결과를 얻기 어렵다. 나는 이러한 상황에서는 [[https:// |
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| #30개 스레드를 사용한다. | #30개 스레드를 사용한다. | ||
| #트리 모델은 JTT를 기본으로 한다. | #트리 모델은 JTT를 기본으로 한다. | ||
| - | $ nohup ./ | + | |
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| $ ls -l | grep run_230812 | $ ls -l | grep run_230812 | ||
| -rw-rw-r-- 1 hyjeong hyjeong 7941159 | -rw-rw-r-- 1 hyjeong hyjeong 7941159 | ||
bioinfo/계통수_작성하기.1691833018.txt.gz · Last modified: 2023/08/12 18:36 by hyjeong